(والجناجي) نسبة إلى جناجية أو جناجيا بجيم مفتوحة ونون والف وجيم مكسورة مثناة تحتية مفتوحة وهاء والف قرية من أعمال الحلة واصلهم من آل علي المقيمين فيها وأصل اسمها قناقيا ويلفظها العرب جناجيا على قاعدتهم في إبدال القاف جيما ولذلك نسبه السيد محمد الهندي في نظم اللآلئ (القناقناوي) أقوال العلماء فيه قال تلميذه صاحب مفتاح الكرامة في مقدمة كتابه: الامام العلامة المعتبر المقدس الحبر الأعظم وفي روضات الجنات: كان من أساتذة الفقه والكلام وجهابذة المعرفة والأحكام معروفا بالبسالة والأحكام مروجا للمذهب كما هو حقه وبيده رتقه وفتقه مقدما عند الخاص والعام معظما في عيون الأعاظم والحكام غيورا في باب الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وقورا عند الهزاهز والغير مطاعا عند العرب والعجم في زمانه مفوقا في الدنيا والدين على سائر أقرانه ظهر من غير بيت العلم فصار علما كان شديد التواضع واللين مع ما فيه من الصولة والوقار والهيبة والاقتدار فلم يكن يمتاز في ظاهر هيأته عن سائر الناس أبيض الرأس واللحية في مشيبه كبير الجثة رفيع الهمة سمحا شجاعا قويا في دينه كثير التعلق بأبواب الملوك والحكام وكان يرى استيفاء حق الله تعالى من أموال الناس ولو بالقوة والقهر ويصرفه إلى مستحقيه بدون تأخير ويحكى أنه كان في أول أمره في فقر شديد وانه آجر نفسه لقضاء ثلاثين سنة من العبادة صرفها في أيام التحصيل اه وفي مستدركات الوسائل: علم الأعلام وسيف الإسلام خريت التحقيق والتدقيق مالك أزمة الفضل بالنظر الدقيق وهو من آيات الله العجيبة التي تقصر عن دركها العقول وعن وصفها الألسن فان نظرت إلى علمه فكتابه كشف الغطاء الذي ألفه في سفره ينبئك عن أمر عظيم ومقام علي في مراتب العلوم الدينية أصولا وفروعا وكان الشيخ مرتضى الأنصاري يقول ما معناه: من اتقن القواعد الأصولية التي أودعها الشيخ جعفر في كشفه فهو عندي مجتهد - قال المؤلف: فإذا كان الأمر كذلك فلماذا بلى الشيخ مرتضى الناس برسائله وكتب في دليل الانسداد وحده - الذي يعترف بعدم الحاجة إليه - ما يزيد على ما كتبه الشيخ جعفر في مقدمة كشفه من مسائل الأصول ومقام الشيخ مرتضى في التحقيق وفتح بابه لمن عاصره وتأخر عنه أمر ملحق بالبديهيات وما اشتملت عليه رسائله من ذلك أمر لا ينكره إلا جاهل أو مكابر لكننا نقول كان عليه أو على من بعده اختصاره وتهذيبه وحذف ما لا لزوم له منه وإيضاح عبارة الباقي وإذا كان هو لم يتسع وقته لذلك فكان على من جاء بعده أن يقوموا بهذا الأمر لا أن يضعوا لكتابه الحواشي المطولة، فأوجب ذلك ضياع عمر الطلاب وصدهم عما يجب صرف أعمارهم فيه من غير علم الأصول ولئن كان الشيخ ملا كاظم الخراساني حاول ذلك في كفايته فقد أصاب لكن فاته انه كان يجب ان يكون كتابه أكثر تهذيبا وأوضح عبارة وأحسن ترتيبا مما هو عليه وإن خلص الطلاب من التطويل لكنه أوقعهم في صعوبة الفهم وقلة التحصيل إلا بعد زمان طويل وعاد الأمر إلى الشروح والحواشي والقال والقيل ثم وقعنا اليوم فيما هو أدهى وأعظم من انقراض العلماء وانصراف الناس عن طلب العلم إلى طلب الدنيا المحضة الذي يؤذن بانقراض الدين ونسأله تعالى أن يتولاه بلطفه - قال صاحب المستدركات: وحدثني الأستاذ - الشيخ عبد الحسين الطهراني - قال قلت لشيخي صاحب جواهر الكلام: لم أعرضت عن شرح كشف الغطاء ولم تؤد حق صاحبه وهو شيخك وأستاذك وفي كتابه من المطالب العويصة والعبارات المشكلة ما لا يحصى فقال يا ولدي أنا عاجز من أوات - الشيخ أي قوله أو كذا أو كذا - قال المؤلف: هذا كلام اقتضاه السمر والمحادثة ولا يبتني على حقيقة راهنة فهو كسائر ما يتحدث به العلماء الأعلام من الأمور الشعرية المحضة ثم ينقله عنهم كثيرون كحقيقة راهنة وليس له من الحقيقة نصيب وهذا أمر قد اعتاده أهل هذه الأعصار لما اعتادوه من المبالغات فالعجب من الشيخ عبد الحسين الطهراني كيف يعتقد أن صاحب الجواهر كان يمكن أن يجعل كتابه شرحا لكشف الغطاء والعجب من صاحب المستدركات كيف يظن أن صاحب الجواهر قصد من هذا الجواب الحقيقة والواقع لا مجرد الاقناع فكشف الغطاء مع ما هو عليه من الجودة في موضوعه ليس قابلا لأن يكون متنا لمثل كتاب الجواهر الذي يراد به جمع جميع كتب الفقه وأدلة مسائله وكشف الغطاء لا يحوي جميع كتب الفقه وهل أوات الشيخ أصعب في شرحها من ترددات المحقق، قال وإن تأملت في مواظبته على السنن والآداب وعبادته ومناجاته في الأسحار وبكائه وتذلله لرايته من الذين وصفهم أمير المؤمنين عليه السلام من أصحابه للأحنف بن قيس مع ما اشتهر من كثرة أكله وإن كان لم يكن يأكل إلا الجشب ولا يلبس إلا الخشن فلا تورثه كثرة الأكل الملل والكسل عما كان عليه من التضرع والإنابة والسهر وإن تفكرت في بذله الجاه العظيم الذي أعطاه الله إياه من بين أقرانه والمهابة والمقبولية عند الناس على طبقاتهم من الملوك والتجار والسوقة للفقراء والضعفاء من المؤمنين وحضه على طعام المسكين لرأيت شيئا عجيبا وقد نقل عنه في ذلك مقامات وحكايات لو جمعت لكانت رسالة طريفة نادرة اه وذكره صاحب نظم اللآل في أحوال الرجال فقال شيخ الطائفة في زمانه وحاله في الثقة والجلالة والعلم أشهر من أن يذكر اه وقد انتهت إليه رياسة الإمامية الدينية في عصره والزمنية في قطره فهو الفقيه الأكبر مفتي الامامية رجع إليه الناس وأخذوا عنه ورأس بعد وفاة شيخه السيد مهدي بحر العلوم الطباطبائي سنة 1212 واشتهر باعتدال السليقة في الفقه وقوة الاستنباط من الأدلة فكان أعجوبة في الفقه ولقوة استنباطه اشتهر - من باب الملح - أن الشيخ جعفر عنده دليل زائد وهو دليل الشم وكان مع ذلك أديبا شاعرا وخرج إلى إيران فاحتفى به فتح علي شاه القاجاري ووزراؤه.
وصنف باسمه كتاب كشف الغطاء عن خفيات مبهمات الشريعة الغراء وقال في كتاب الجهاد من الكتاب المذكور: ولما كان الاستئذان من المجتهدين - يعني في أمر الجهاد - أوفق بالاحتياط وأقرب إلى رضى رب العالمين فقد أذنت - إن كنت من أهل الاجتهاد ومن القابلين للنيابة عن سادات العباد - للسلطان ابن السلطان والخاقان ابن الخاقان المحروس بعين عناية الملك المنان فتح علي شاه أدام الله ظلاله على رؤوس الأنام في أخذ ما يتوقف عليه تدبير العساكر والجنود ورد أهل الكفر والطغيان والجحود من خراج أرض مفتوحة بغلبة الاسلام وزكاة متعلقة بالنقدين أو الغلات الأربعة أو الأنعام الثلاث فإن ضاقت عن الوفاء جاز له الأخذ من أموال أهل الحدود إذا توقف ما يدفع به العدو إلى آخر ما ذكره. وكان شديد الغيرة على الطائفة عظيم العناية بأمورها كثير المناهضة لخصومها وقد انبرى للرد على الوهابيين بيده ولسانه لما عظم خطرهم على العراق فرد غاراتهم عن مدينة النجف وجمع الأسلحة والذخائر في داره ورتب المقاتلة على السور وباشر العلماء القتال بأنفسهم وشجعوا المقاتلين بتحريضهم حتى ارتد