نموذج من اجازته وننقل فيما يلي اجازته لتلميذه الشيخ الملا محمد فاضل السمناني وهي:
بسم الله الرحمن الرحيم الحمد لله رب العالمين والصلاة والسلام على خاتم الأنبياء وأفضل المرسلين محمد وآله الطيبين الطاهرين ولعنة الله على أعدائهم ومبغضيهم إلى يوم الدين. وبعد فقد استجاز مني العالم العامل والفاضل الكامل التقي النقي الورع الصالح الألمعي ذو الذهن الثاقب والفهم الصائب ملا فاضل أدام الله علاه وأراد الانسلاك في سلك رواة الاخبار والاتصال بالأئمة ولما كان ممن رتع في رياض العلماء الدينية وكرع من حياض زلال سبيل الأحاديث اليقينية وقد لازمني برهة من الزمان في سالف الأيام وقد تجدد العهد في هذه الأيام لما تشرف بتقبيل اعتاب الأئمة الكرام ع وزيارتهم بعد زيارة النبي ص وادراك حج بيت الله الحرام فتسارعت إلى انجاح رغبته واسعاف طلبته وإجابة دعوته لكونه أهلا لذلك فأجزت له أدام الله وجوده وأفاض عليه بره وجوده ان يروي عني ما صحت روايته من مقروء ومسموع وما جازت لي اجازته من معقول ومشروع ولا سيما كتب الاخبار وخصوصا الأربعة السائرة في الاشتهار كمسير الشمس في دائرة نصف النهار وهي الكافي والفقيه والتهذيب والاستبصار وجملة ما صنفه علماؤنا الاعلام أعلى الله درجاتهم في دار السلام في جميع العلوم من الفقه والأصولين والتفسير والحكمة واللغة وغيرها مما هو معلوم ولما كانت طرقنا إليها كثيرة متعددة اكتفينا بالميسور لقولهم الميسور لا يسقط بالمعسور وهو ما أخبرنا به شيخنا العلامة واستاذنا الفهامة جامع المعقول والمنقول ومستنبط الفروع من الأصول فريد دهره ووحيد عصره الشيخ يوسف ابن المرحوم الشيخ احمد البحراني طاب ثراه عن شيخه واستاذه خاتم المجتهدين وأفضل المتأخرين الشيخ حسين ابن الشيخ محمد الماحوزي نور الله مرقده عن شيخه علامة الزمان وأعجوبة الأوان الشيخ سليمان ابن المرحوم الشيخ عبد الله الماحوزي عن شيخه عمدة المحققين وزبدة المدققين الشيخ سليمان بن علي الماحوزي البحراني عن شيخه المحدث الرباني الشيخ الأجل الشيخ علي بن سليمان العلامة البحراني عن شيخه بل شيخ الكل في الكل خاتمة المحدثين زبدة المدققين ورئيس المحققين الشيخ بهاء الدين طاب ثراه ثم ذكر طريق الشيخ البهائي ولا حاجة إلى نقله لأنه مذكور في الأربعين إلى أن قال واشترط عليه أدام الله توفيقه ما اشترط علي مشايخي طاب ثراهم بالتمسك بذيل الاحتياط والتقوى في العلم والعمل فإنه أهل لذلك وان لا يجعل رقبته للناس جسرا ولا يجتري على الفتوى الا فيما وضح ماخذه فان الوقوف عند الشبهات خير من الاقتحام في الهلكات، ملتمسا منه ان لا ينساني في الحياة وبعد الممات خصوصا في اعقاب الصلاة ومظان استجابة الدعوات والسلام وكتبه أحوج المربوبين إلى رحمة ربه الغني محمد مهدي بن أبي القاسم الموسوي الشهرستاني أصلا والأصفهاني مولدا والكربلائي مسكنا بل مدفنا.
اصلاحاته قام باصلاحات كثيرة في الحضرة الحسينية والصحن الحسيني مستفيدا من المال الذي كان يرد عليه من موقوفات جده الاعلى الميرزا فضل الله الشهرستاني الموقوفة على تعمير العتبات المقدسة في العراق وإيران وادارتها.
لا سيما وانه كان المتولي عليها لأنه كان أرشد أولاد الواقف واعلمهم حينذاك.
ومن جملة الاصلاحات هذه الحاقه الجامع الكبير الذي كان يقع خلف الروضة الحسينية بشمالها بالروضة وبناء جامع آخر بدلا عنه خارج الروضة في الصحن الشريف في جهته الشرقية قرب مدخل باب الصافي وبذلك وسع الروضة. ولالحاق ذلك الجامع الكبير بالروضة قصة مفصلة ذكرها السيد الميرزا هادي الخراساني الحسيني الحائري المتوفى سنة 1368 في مؤلفه دعوة دار السلام المخطوط باللغة الفارسية.
كما كان للمترجم يد في مد الماء من نهر الفرات إلى مدينة النجف وذكر ذلك باسهاب السيد حسن الزنوزي في مؤلفه رياض الجنة وهو تلميذ المترجم حيث قال ما ترجمته موجزا عن اللغة الفارسية:
وفي هذه السنين ارسل آصف الدولة بن شجاع الدولة بن منصور علي خان الهندي المسكن والنيسابوري الأصل سلطان لكهنو مبلغ سبعة لكوك روبية إلى قدوة العلماء الأعلام سيد السادات الكرام آية الله السيد الميرزا محمد مهدي الموسوي الشهرستاني المجاور بالحاير أطال الله بقاءه وباقتراح من السيد المذكور وترغيب منه، وذلك لحفر نهر عريض جدا وعميق ابتداء من الشاطئ الواقع جنب جسر المسيب إلى ارض النجف المقدسة: وقد تم ذلك في مسافة من الأرض تناهز 25 فرسخا وجرت فيه المياه. وقد انجزت هذه الصدقة الجارية السارية في سنة 1213 انتهى بإيجاز.
نقول وهذا النهر هو المعروف بنهر الهندية حتى الآن.
عقبه توفي عن ولدين وبنت واحدة أما الولدان فهما:
1 الميرزا أبو القاسم الذي توفي بعد والده بمدة وجيزة.
2 الميرزا السيد محمد حسين الموسوي الشهرستاني المتوفي سنة 1247 بكربلا. وكان كوالده من فحول العلماء ومراجع التقليد وسافر عدة مرات إلى الهند والحجاز وإيران. وقد تزوج سنة 1200 بنت آقا محمد علي الكرمانشاهي نجل الوحيد البهبهاني المسماة بلقيس خانم وقد وقعت وثيقة عقدها من قبل جدها الوحيد البهبهاني ووالدها ومن السيد مهدي بحر العلوم والميرزا محمد مهدي الشهرستاني والد الزوج وفحول العلماء آنذاك وقد كانت في مكتبة الشهرستانية بكربلا وهي وثيقة تاريخية طريفة وتوجد الآن لدى أحد أحفاد المترجم السيد صالح الشهرستاني نزيل طهران.
وكان الميرزا محمد حسين الشهرستاني يعرف بآغا بزرگ، وكان من الخطاطين المشار إليهم بالبنان، وقد كتب عدة نسخ من القرآن الكريم اوقفها على بعض المشاريع الخيرية في كربلاء ومنها نسخة في مكتبة السيد كاظم الرشتي. ويوجد بخطه الجيد دعاء اللهم ان هذا مشهد لا يرجو من فاتته فيه رحمتك ان ينالها في غيره... الخ على لوحة كبيرة كانت منصوبة على جدار بحرم الإمام الحسين ع في طرف الرأس قبال المستقبل للقبلة.
وعلى أثر اجراء الاصلاحات المعمارية في الحرم المطهر مؤخرا نقل هذا الدعاء إلى مقبرة حفيده المرحوم السيد إبراهيم الشهرستاني في الصحن الحسيني جنب باب السدة حيث علقت على أحد جدرانها بعد اجراء اصلاحات فيها.
واما بنت المترجم فقد تزوجها السيد الميرزا محمد حسن المرعشي الحسيني بن محمد علي بن محمد علي إسماعيل المرعشي الحسيني، الذي اشتهر بعد اقترانه بها بالشهرستاني عن طريق المصاهرة مع الشهرستانية.