الناس فلم يكن عندهم مخرج فقال له روح بن زنباع إنك لتعلم الرأي والمخرج قال من؟. قال الباقر من أهل بيت النبي ص فاستحضره فقال لا يعظمن هذا عليك وأشار عليه بضرب الدراهم والدنانير وبين له كيفيته فعمل به ودفع الله عن الاسلام والمسلمين بذلك شرا عظيما. ومن مؤلفاته تفسير القرآن ذكره ابن النديم كما سيأتي سنة وفاته 114 وعمره 57.
وجاء بعده ولده جعفر الصادق وعاصر خمسة من ملوك بني أمية هشام بن عبد الملك والوليد بن يزيد بن عبد الملك ويزيد بن الوليد بن عبد الملك الملقب بالناقص وإبراهيم بن الوليد ومروان بن محمد الحمار واثنين من ملوك بني العباس السفاح والمنصور فحدث في فنون الاسلام ونشر علمه بشئ من الحرية وروى عنه العلماء كثيرا وألفوا الكتب الجمة من مروياتهم عنه وذلك لأن حرية الرأي وإظهار المذهب كانت تختلف باختلاف الأوقات فقبل خلافة أمير المؤمنين ع لم يكن لاظهار التشيع كما الحرية وفي خلافته صار لذلك نوع حرية ودعاية فيما عدا الشام ولا سيما في الكوفة وبعد شهادته إلى آخر عصر بني مروان اشتد الامر والخوف على الشيعة ولكنهم لم يتعرضوا لزين العابدين وابنه الباقر بأذى ظاهر فكان لهما بعض الفسحة في نشر علمهما ولا سيما في عصر الباقر وأما في عصر الصادق فكان ذلك العصر آخر دولة بني أمية في حين ضعفها وأول دولة بني العباس التي هي دولة هاشمية فتمكن من نشر علومه لا سيما إنه لم يظهر منه تعرض لطلب ملك أو معارضة أحد في ملكه وكان الامر أخف وطأة في دولة السفاح وشئ من دولة المنصور. ثم رام المنصور أن يناله بأذى لما رأى ميل الناس إليه وظهور فضله في الكافة مع الوشاية عليه فطلبه مرارا إلى بغداد ورام إيقاع مكروه به فدفعه الله عنه. وقال له المنصور يوما وقد آذاه الذباب لم خلق الله الذباب يا أبا عبد الله قال ليذل به الجبابرة فسكت المنصور وبالجملة: كان عصره أقل عصور أهل بيته خوفا فكثرت الرواة والمصنفون في الحديث من الشيعة في زمانه أكثر من زمان أبيه ولم يرو عن أحد من أهل بيته ما روي عنه حتى قال الحسن بن علي الوشاء من أصحاب الرضي ع أدركت في هذا المسجد يعني مسجد الكوفة تسعمائة شيخ كل يقول حدثني جعفر بن محمد. هذا ما أدركه راو واحد في عصر متأخر وروى عنه راو واحد وهو أبان بن تغلب ثلاثين ألف حديث. وأفرد الحافظ أبو العباس أحمد بن عقدة الزيدي الكوفي كتابا فيمن روى عنه ع جمع فيه أربعة آلاف إنسان وذكر مصنفاتهم ولم يذكر جميع من روى عنه ويدل كلام المفيد في الإرشاد على أن هذه أسماء الثقات منهم خاصة حيث قال عند ذكر الصادق ع: ونقل الناس عنه من العلوم ما سارت به الركبان وانتشر ذكره في البلاد ولم ينقل العلماء عن أحد من أهل بيته ما نقل عنه فإن أصحاب الحديث نقلوا أسماء الرواة عنه الثقات على اختلافهم في الآراء والمقالات فكانوا أربعة آلاف رجل اه. وأحصاهم الشيخ أبو جعفر محمد بن الحسن الطوسي أربعة آلاف في باب أصحاب الصادق ع من كتاب رجاله أي قال إنهم أربعة آلاف لا إنه ذكر أسماء أربعة آلاف في باب أصحاب الصادق ع من كتاب رجاله أي قال إنهم أربعة آلاف لا إنه ذكر أسماء أربعة آلاف رجل، منهم في كتابه. وقال الطبرسي في إعلام الورى: قد تظافر النقل بان الذين رووا عن أبي عبد الله جعفر بن محمد الصادق ع من مشهوري أهل العلم أربعة آلاف انسان. وقال المحقق في المعتبر: انتشر عن جعفر بن محمد من العلوم الجمة ما بهر به العقول وروى عنه ما يقارب أربعة آلاف رجل وبرز بتعليمه من الفقهاء الأفاضل جم غفير كزرارة بن أعين وأخويه بكير وحمران وجميل بن صالح وجميل بن دراج ومحمد بن مسلم وبريد بن معاوية والهشامين وأبي بصير وعبيد الله ومحمد وعمران الحلبيين وعبد الله بن سنان وأبي الصباح الكناني وغيرهم من أعيان الفضلاء اه. وفي الذكرى: دون من رجاله المعروفين أربعة آلاف رجل من أهل العراق والحجاز وخراسان والشام اه. والمراد انها دونت أسماؤهم في كتب الرجال وقال المحقق في المعتبر كما يأتي: كتب من أجوبة مسائله أربعمائة مصنف لأربعمائة مصنف سموها أصولا. وكانت مدرسته في داره بالمدينة وفي المسجد وأينما وجد وكان من يرد المدينة من الآفاق في الموسم وغيره يسأله ويأخذ عنه ويهئ له المسائل إلى أن يتهيأ له الوصول إليه. وأثر عنه في علم الكلام الشئ الكثير وروى عنه المفضل بن عمر كتابا يعرف بتوحيد المفضل هو أجود كتاب في رد الدهرية توفي سنة 148 وعمره 68.
وجاء بعده ولده الإمام موسى بن جعفر الكاظم. عاصر أربعة من ملوك بني العباس المنصور والمهدي والهادي والرشيد وكانت أيامه أيام شدة وضيق وبلاء ولا سيما في عهد هارون الملقب بالرشيد فلذلك كانت الرواية عنه أقل من أبيه الصادق ومع ذلك فقد روى عنه الناس فأكثروا وروى عنه من علوم الدين الشئ الكثير وكان أفقه أهل زمانه وأجلهم وروى عنه العلماء في فنون العلم من علم الدين وغيره ما دون وملأ بطون الدفاتر وألفوا في ذلك المؤلفات الكثيرة وكان يعرف بين الرواة بالعالم. وفي مناقب ابن شهرآشوب: بابه المفضل بن عمر الجعفي ومن ثقاته حسن بن علي بن فضال الكوفي مولى لتيم الرباب وعثمان بن عيسى وداود بن كثير الرقي مولى بني أسد وعلي بن جعفر الصادق. ومن خواص أصحابه علي بن يقطين مولى بني أسد وأبو الصلت عبد السلام بن صالح الهروي وإسماعيل بن مهران و علي بن مهزيار من قرى فارس ثم سكن الأهواز والريان بن الصلت الخراساني وأحمد بن محمد الحلبي وموسى بن بكير الواسطي وإبراهيم بن أبي البلاد الكوفي وفي المناقب أيضا عن اختيار الرجال للطوسي: إنه اجتمع أصحابنا على تصديق ستة نفر من فقهاء الكاظم والرضا ع وهم يونس بن عبد الرحمن وصفوان بن يحيى بياع السابري ومحمد بن أبي عمير وعبد الله بن المغيرة والحسن بن محبوب السراد وأحمد بن محمد بن أبي نصر. وفي المناقب أيضا: أخذ عنه العلماء ما لا يحصى كثرة وذكر عنه الخطيب في تاريخ بغداد والسمعاني في الرسالة القوامية وأبو صالح أحمد المؤذن في الأربعين وأبو عبد الله بن بطة في الإبانة والثعلبي في الكشف والبيان. وكان أحمد بن حنبل إذا روى عنه قال حدثني موسى بن جعفر حدثني أبي جعفر بن محمد حدثني أبي محمد بن علي حدثني أبي علي بن الحسين حدثني أبي الحسين بن علي حدثني أبي علي بن أبي طالب قال قال رسول الله ص ثم قال أحمد وهذا إسناد لو قرئ على المجنون لأفاق اه.
وكانت مدرسته في داره بالمدينة وفي المسجد كما كان آباؤه عليه وعليهم السلام وكانت ترد إليه المسائل وهو في السجن ببغداد فيجيب عنها.
ومن مؤلفاته وصيته لهشام بن الحكم وصفته للعقل وهي وصية طويلة اوردها الحسن بن علي بن شعبة في تحف العقول. وقال له الإمام أبو حنيفة بالمدينة في حياة أبيه وهو غلام يا غلام ممن المعصية فقال لا تخلو من إحدى ثلاث أما أن تكون من الله وليست منه فلا ينبغي للرب أن يعذب العبد