بالنجف (1296) و المدفون في مقبرته الكبيرة الواقعة على يسار من يمر على السكة الحديدية من أوائل وادى السلام إلى جانب الكوفة و هي حاشية على الفوائد الخمس الرجالية المصدرة بها تعليقة الوحيد. و قد كتبها بخطه على هوامش نسخه اشتراها من الشيخ محمد الخزاعي النجفي. و إمضائه في آخر كل حاشية (علي الرازي) رأيت هذا النسخة في مكتبة الشيخ هادي كاشف الغطاء. و رأيت نسخه من التعليقة البهبهانية بخط المولى باقر التستري المتوفى بالنجف (1327) و قد كتب على هوامشها حواشي أستاذه الخليلي هذا. و لعله كتبها لنفسه أوان تلمذه عليه في علم الرجال، كما كتب عليها أيضا حواش كثيره من نفسه. و رأيت قطعة من حاشية الخليلي هذا مدونة بخط تلميذ المولى علي و هو السيد مرتضى الخلخالي كتبها في النجف (1214) و هذه القطعة موجودة في كتب سادة آل خراسان في النجف.

191: الحاشية عليها

أيضا على الفوائد الخمس المبدوة بها التعليقة. و هي للحاج المولى باقر بن غلام علي التستري المتوفى في (1327) كتب التعليقة البهبهانية بخطه و قرأ الفوائد الخمس المصدر بها التعليقة على شيخه و شيخ كثير من مشايخنا الحاج المولى علي الخليلي فكتب بخطه الجيد بعض ما استفاده من شيخه المذكور على هوامش النسخة التي رأيتها عند بعض أحفاده كما أنه كتب على نسخته تمام حاشية شيخه الخليلي على التعليقة البهبهانية.

192: الحاشية عليها

أيضا على الفوائد الخمس الرجالية المصدرة بها التعليقة، و هي لشيخنا العلامة الفقيه الرجالي الشيخ علي بن الحسين الخاقاني النجفي الشهير بالخيقاني المتوفى مناهزا للثمانين في (26 رجب 1334) حضر بحث الشيخ الأنصاري سنين و حضر في حياته و بعد وفاته بحث السيد الشيرازي في النجف إلى أن هاجر إلى سامراء فحضر بحث الشيخ راضي و الحاج مولى علي الخليلي، ثم الشيخ محمد حسين الكاظمي و برهة في كربلاء تلمذ على الشيخ زين الدين المازندراني و بأمره كتب جملة من الرسائل الفقهية، حدثني هو بجميع مشايخه، و رأيت كافة تصانيفه و منها هذا الحاشية و هي في مجلد ضخم كبير شرح فيه الفوائد الخمس الرجالية مفصلا بعنوان التعليق و الحاشية، و زاد عليها