1- إيضاح الفوائد في حلّ مشكلات القواعد- لوالده العلامة- في الفقه، يقع في أربعة مجلدات مطبوعة.

2- حاشية الإرشاد- لوالده العلامة- في الفقه.

3- الرسالة الفخرية في معرفة النية- في الفقه- و التي بين يديك.

4- شرح خطبة القواعد المسمى بجامع الفوائد- صنفه بعد الإيضاح.

5- شرح كتاب تهذيب الأصول- لوالده العلامة- المسمى بغاية السؤول في شرح تهذيب الأصول.

6- شرح كتاب مبادئ الأصول- لوالده العلامة.

7- شرح كتاب نهج المسترشدين- لوالده العلامة- في أصول الدين و علم الكلام.

8- الكافية الوافية في الكلام.

9- المسائل الحيدرية- ألفها لأحد تلاميذه الأجل السيد حيدر الآملي، قال المحدث النوري: و هي موجودة عندي بخط السيد، و الأجوبة بخط الفخر [1].

10- أجوبة مسائل السيد مهنا بن سنان المدني.

معاناته من بعض أهل زمنه:

قال الفخر في كتاب أبيه: (الألفين) عند بلوغه الدليل الحادي و الخمسين بعد المائة عن عصمة الإمام شاكيا لأبيه العلامة- رحمه اللّه- شدة المعاناة و العداء الذي يكنه له بعض المبغضين له من أهل زمنه، حسدا له على منزلته العلمية و مكانته الاجتماعية، و انتقاما منه بسبب قربه من السلطان العادل و تكريمه له، قال:

يقول محمد بن الحسن بن المطهر: حيث وصلت في ترتيب هذا الكتاب و تبيينه إلى هذا الدليل في حادي عشر جمادى الآخرة سنة ست و عشرين و سبعمائة بحدود أذربيجان، خطر لي أن هذا خطابي لا يصلح في المسائل البرهانية، فتوقفت في كتابته، فرأيت والدي عليه الرحمة تلك الليلة في المنام و قد سلاني السلوان، و صالحني الأحزان، فبكيت بكاء شديدا، و شكوت إليه من قلة المساعد، و كثرة المعاند، و هجر الاخوان و كثرة العدوان، و تواتر الكذب و البهتان، حتى أوجب ذلك لي جلاء عن الأوطان، و الهرب إلى أراضي أذربيجان، فقال لي: اقطع‌