بغداد فشارك في أهوالها و شملته آلامها.

يقول في ذلك في كشف المحجّة: «تمّ احتلال بغداد من قبل التتر في يوم الاثنين 18 محرم سنة 656 ه، و بتنا ليلة هائلة من المخاوف الدنيويّة، فسلّمنا اللّه جلّ جلاله من تلك الأهوال»[1].

كلّف السيّد في زمن المستنصر بقبول منصب الإفتاء تارة و نقابة الطالبيّين تارة أخرى، حتى وصل الأمر بأن عرض عليه الوزارة فرفضها، غير انه ولي النقابة بالعراق من قبل هولاكو سنة 661 و جلس على مرتبة خضراء، و في ذلك يقول الشاعر علي بن حمزة مهنّئا:

فهذا عليّ نجل موسى بن جعفر

شبيه عليّ نجل موسى بن جعفر

فذاك بدست للإمامة أخضر

و هذا بدست للنقابة أخضر

لأنّ المأمون العبّاسي لما عهد إلى الرضا عليه السلام ألبسه لباس الخضرة و أجلسه على و سادتين عظيمتين في الخضرة و أمر الناس بلبس الخضرة[2].

و استمرّت ولاية النقابة إلى حين وفاته و كانت مدّتها ثلاث سنين و أحد عشر شهرا[3].

كانت بين السيد و بين مؤيد الدين القمّي وزير الناصر ثم ابنه الظاهر ثم المستنصر مواصلة و صداقة متأكّدة، كما كانت صلة أكيدة بينه و بين الوزير ابن العلقمي و ابنه صاحب المخزن.

و لمّا فتح هولاكو بغداد في سنة 656 ه أمر أن يستفتي العلماء أيّما أفضل: السلطان الكافر العادل أو السلطان المسلم الجائر؟ فجمع العلماء بالمستنصرية لذلك، فلمّا وقفوا على المسألة أحجموا عن الجواب، و كان رضي الدين علي بن الطاوس حاضر المجلس و كان مقدّما محترما، فلمّا رأى احجامهم تناول الورقة و كتب بخطّه: الكافر العادل أفضل من المسلم الجائر، فوضع العلماء خطوطهم معتمدين عليه‌[4].