و كان من فضل اللّه جلّ جلاله عليه ان قد هيّأ له من الكتب و غيرها من أسباب التصنيف ما لم يهيّئه لأحد في عصره و ما بعده، حيث إنه جرى ملكه على الف و خمسمائة مجلد من الكتب عند تأليفه لكتاب الإقبال‌[1] به في سنة 650 ه. صرّح نفسه في كتاب كشف المحجة الّذي ألّفه لولده محمد سنة 649، ان خصوص كتاب الدعاء الموجودة عنده أكثر من ستين مجلّدا و قال: «و هيّأ اللّه جلّ جلاله عندي مجلدات في الدعوات أكثر من ستّين مجلّدا فاللّه اللّه في حفظها و الحفظ من أدعيتها فإنها من الذخائر التي تتنافس عليها العارفون في حياطتها و ما اعرف عند أحد مثل كثرتها و فائدتها.»[2] و ذكر في أواخر مهج الدعوات الّذي ألّفه قبل وفاته بسنتين‌[3] و في كتاب اليقين الّذي يعدّ من أواخر تصانيفه، انّ في خزانة كتبه أكثر من سبعين مجلدا من كتب الدعاء.

جعل السيد تصانيفه الدعائيّة تتمّات لكتاب مصباح المتهجّد لشيخ الطائفة محمد بن حسن الطوسي قدس سرّه، و ألّف عدّة مجلدات في أدعية الأيام و الأسبوع و الشهور و السنة، ذكر في مقدمة كتاب فلاح السائل الذي يعدّ أول كتابه في هذا المضمار في علّة تصنيف هذه الكتب و تعداده:

«فانني لمّا رأيت بما وهبني اللّه جل جلاله من عين العناية الإلهية في مرآة جود تلك المراحم و المكارم الربانيّة كيف انشأني و ربّاني و حملني في سفن النجاة على ظهور الآباء و أودعني في البطون و سلّمني مما جرى على من هلك من القرون و هداني إلى معرفته- الى ان قال:- و عرفت ان لسان المالك المعبود يقول لكل مملوك مسعود: أي عبدي قد قيدت السابقين من الموقنين و المراقبين و المتقين و أصحاب اليمين يأملون فلا يقدرون على زيادة الدرجات الآن و أنت مطلق في الميدان فما يمنعك من سبقهم بغاية الإمكان أو لحاقهم في مقامات الرضوان، فعزمت أن أجعل ما اختاره اللّه جل جلاله مما رويته أو وقفت عليه و ما يأذن جلّ جلاله لي في إظهاره من إسراره و ما هداني إليه، كتابا مؤلّفا اسميه كتاب تتمات مصباح المتهجد و مهمات في صلاح المتعبد، و ها انا مرتب ذلك باللّه جلّ جلاله في عدة مجلدات يحتسب ما أرجوه من المهمات و التتمات:

المجلد الأول و الثاني: أسميه كتاب فلاح السائل في عمل يوم و ليلة و هو مجلدان‌[4].