وعلى الرغم من كون أطروحة فرقة الإخوان تميل إلى الاعتدال والتسامح في مواجهة الواقع، وقد كانت الفرقة على وئام مع الحكومات ومع أهل الملل الأخرى من اليهود والمسيحيين، إلاّ أن التزامها بنهج أهل السنة دفع بها إلى عدم التسامح مع الخصوم والمخالفين من التيارات السياسية والفرق الإسلامية المخالفة.

إن فرق الإخوان المنتشرة على الساحة العالمية لم تستطع أن تتوحد في إطار واحد رغم كونها ذات تصور واحد وتدين لإمام واحد هو حسن البنا، وقد اشتدت الخلافات بين هذه الفرق وزاد التناحر فيما بينها بعد مصرع المؤسس حسن البنا.