ابتلي الشيخ الاصفهاني رحمه الله تعالى في أواخر حياته بمرض ألمّ به ، واستمر يعاني منه لمدة عام توفي في آخره في فجر اليوم الخامس من شهر ذي الحجة عام ( ١٣٦١ ه ) بعد حياة كريمة أمضاها في خدمة هذا الدين الحنيف واعلاء شأنه ، جزاه الله تعالى عن الاسلام واهله خير الجزاء واجزل العطاء ، واسكنه فسيح جنانه انه نعم المولى ونعم النصير.
مؤلّفاته :
خلّف الشيخ محمّد حسين الاصفهاني رحمه الله تعالى جملة متعددة من الكتب القيمة الدالة على علو شأنه وعظم منزلته العلمية ، لا سيما اذا عرفنا بان معاصريه وتلامذته ينقلون عنه انه كان ذو قلم سيال ، دقيق الكلمة ، رصين العبارة لم يعرف عنه انه كتب كتابا فاتخذ مسودات له يراجعها ويعيد ترتيبها ونظمها وتشذيبها ، بل كان ما يخرج منه من المؤلّفات المختلفة يكون تاما ونهائيا وجاهزا ، وتلك نعمة لا حدود لها.
والحق يقال : ان العمر لو امتد به لأغنى المكتبة الاسلامية بالكثير من