بعد از آل بويه (320- 454 ق) تا روى كار آمدن حكومت صفويه (907 ق) كه منجر به حاكميت مجدّد شيعه گرديد، فعّاليتهاى علمى شيعه، جز در مواردى استثنايى (نظير دوران تساهل و تسامح مغولان در قرن هفتم هجرى)، در ركود و خفقان بوده است.
دوره صفويه، يكى از دورههاى حسّاس تاريخ ايران به حساب مىآيد كه از لحاظ عرضه خدمات علمى، فرهنگى، اجتماعى و سياسى، سرآمد است و از لحاظ جذب و پرورش عالمان پُر كار، باانگيزه و خالق آثار وزين و ارزشمند، مطرح بوده و از طرفى، نوع حكومت حاكم، سلطنتى و دربارى است. لذا تفسير تاريخ اين دوره، ظرافت خاصّى مىطلبد.
امروزه، برخى روشنفكران با در نظر گرفتن صِرف ماهيّت حكومت صفويه، بدون توجّه به زمان و دستاوردهاى اين دوره، از آن به عنوان حربهاى عليه علماى دين و مذهب، استفاده كرده، نزديكى آنها به دربار را نشانه دنياطلبى و ضعف آنها قلمداد مىكنند.
مرحوم دكتر على شريعتى كه نظريهپرداز اينگونه مسائل است، خود در بيان تحليلى رويدادهاى تاريخ، به رعايت اصل ظرف زمان و مكان، اصرار دارد، هرچند نتيجهگيرىهايى كه در مورد صفويان، بدانها رسيده است با مقدّمات قبلى مطرح شده توسّط وى، تناقض دارد. ايشان معتقد است: