در سال 1337 ش، پس از افتتاح دانشكده الهيات مشهد، از وى براى تدريس در رشته الهيات دعوت به عمل آمد. ايشان هم پس از مشورت با اساتيد خود، اين مهم را پذيرفت و مشغول تدريس دروسى مثل: تاريخ اسلام، علم الحديث، ملل و نحل، دراية الحديث، تاريخ فقه و آيات الأحكام شد. پس از تأسيس دانشگاه رضوى نيز تاريخِ حديث را در آن جا تدريس نمود.

استاد مدير شانه چى، در كنار تدريس، از تحقيق و تأليف نيز غافل نشد و آثارى را به يادگار گذاشت. ايشان در سال 1381 ش، در مشهد بدرود حيات گفت.

برخى آثار حجة الاسلام و المسلمين مدير شانه‌چى‌

1. علم الحديث؛

2. دراية الحديث؛

3. آيات الأحكام؛

4. ترجمه و شرح‌ تبصرة المتعلمين؛

5. تاريخچه ادوار منطق؛

6. تاريخچه فقه مذاهب اسلامى؛

7. مزارات خراسان؛

8. روش استنباط؛

9. كتاب و كتاب‌خانه در اسلام؛

10. تحقيق و تحشيه‌ الأنوار البهية ى شيخ عبّاس قمى؛

11. مقدّمه و تحقيق‌ الأربعين‌ نورالدين عبد الرحمان جامى؛

12. مقدّمه و تصحيح‌ چهل حديث‌ حسين بن سيف الدين هرَوى؛

13. تحقيق‌ المسائل الجارودية ى شيخ مفيد؛

14. اشراف و نظارت بر تأليف و تحقيق و نشر كتاب‌ سنن النبى صلى الله عليه و آله.[1]

[1]. از ايشان، آثار چاپ شده و چاپ نشده ديگرى باقى مانده است. جهت اطّلاع بيشتر، ر. ك: يادمان استاد مدير شانه‌چى.