وأمّا ما انتشر بقلم تلامذته فحدث عنها ولا حرج، فقد انتشر منها:

أ. «التنقيح» في سبعة أجزاء، لتلميذه المحقّق ميرزا علي الغروي التبريزي دام ظلّه.

ب. «مستند العروة» وهو شرح استدلالي على العروة الوثقى.

وأمّا ما انتشر عنه في الاَُصول فكثير كـ «مصباح الاَُصول»، «المحاضرات» في خمسة أجزاء، وغيرها.

توفي (رحمه الله) عام 1413هـ في مدينة النجف الاَشرف.

يعد السيد الخوئي أحد الاَعلام الكبار الذين يقف القلم عند تحليل شخصيتهم، ولنقتصر بما ذكره تلميذه الطائر الصيت الشيخ محمد جواد مغنية حيث يقول:

السيد الخوئي: عالم لم يقف عند جهة واحدة من جهات العلم والفكر، بل أتقن منها ما أتقن، وألمّ بما ألمّ، وأحاط وتعمّق في أشرفها وأعظمها حتى أصبح علماً من أعلامها الاَمثلين، ورائداً من روّادها المقلدين، فقد لبث زمناً يدنو من السبعين يتعلم ويعلم ويوَلّف ويخرج العلماء ويناقش الجدد منهم والقدماء.

أمّا أُسلوبه في الجدال والنقاش، فهو أُسلوب سقراط يتجاهل ويتظاهر بتسليم قول الطرف المقابل ثمّ يعرض عليه الشكوك والتساوَلات، ويتصنّع الاستفادة والاسترشاد، وشأن الطالب والتلميذ، حتى إذا أجاب المسكين ببراءة وسذاجة انقض عليه، وانتقل به إلى حقائق تلزم أقواله، ولا يستطيع التخلص منها، ويوقعه في التناقض من حيث لا يشعر، ويحمله قهراً على الاعتراف بالخطأ والجهل.

أمّا الّذين تخرّجوا عليه فلا يعلم عددهم إلاّ اللّه وحده، ولكنّي على علم اليقين انّهم يعدون بالمئات وانّهم يملاَون جامعة كبرى ومازالوا على ازدياد،