غادرها الاِمام الخميني إلى قم، فأقام فيها قرابة 43 سنة أي إلى عام 1383هـ ، فحضر دروس أُستاذه الحائري في الفقه و الاَُصول، كما حضر دروس الشيخ محمد علي الشاه آبادي في المعقول والعرفان، ولم يقتصر نشاطه العلمي على هذين الاَُستاذين بل أخذ عن غيرهما وإن كان أكثر استفادته منهما.

ولمّا لبّى المحقّق الحائري نداء ربّه عام 1355هـ استقل بالتدريس في كلا المجالين المعقول والمنقول، وربّى جيلاً كبيراً في هذه البرهة، ولمّا حلّ السيد البروجردي بمدينة قم وأضفى على الحوزة نشاطاً علمياً خاصاً، حضر سيدنا الاِمام الخميني أندية دروسه حضوراً فعالاً للاستفادة من منهل علمه ورحيق فكره، وقد كتب من دروس السيد البروجردي شيئاً كثيراً. فكتب محاضراته في علم الاَُصول من أوّله إلى حجّية الظن، وفي الوقت نفسه كان يلقي محاضرات في الفقه وأُصوله، وكانت له حوزة فقهية كبيرة تضم عدداً كبيراً من الفضلاء.

ترك سيدنا الاِمام الخميني ثروة فقهية كبيرة نشير إلى بعضها:

1. «المكاسب» في خمسة أجزاء تبحث عن:المكاسب المحرّمة، وأحكام البيع، والخيارات. وهي من جلائل آثاره تتمتع بقوة التعبير، وعمق الفكر.

2. «تحرير الوسيلة»، والاَصل للسيد الاصفهاني وقد أكملها السيد الاِمام الخميني بتحرير جديد، وصارت رسالة عملية له، وهي تكشف عن إحاطته بالفروع، وقوة عارضه في إرجاعها إلى الاَُصول.

3. «دورات أُصولية» ألقاها في حوزة قم دورة بعد دورة، أوسطها ما حررناها ونشرناها تحت عنوان: «تهذيب الاَُصول» في جزءين، وقد أشرف على عامة ما حررته، فصحّح ما طغى عليه الفكر أو زاغ عنه البصر.

4. وللسيد الاِمام الخميني رسائل فقهية وأُصولية أُخرى مذكورة في ترجمته.