ولد الشيخ في طوس في شهر رمضان سنة 385هـ أي بعد أربع سنين من وفاة الشيخ الصدوق، وهاجر إلى العراق فهبط بغداد سنة 408هـ وهو ابن 23 عاماً، وكان زعيم الشيعة آنذاك، شيخ الاَُمّة محمد بن محمد بن النعمان الشهير بـ«المفيد» فلازمه ملازمة الظل لذي الظلّ، وعكف على الاستفادة منه إلى حدّ توفّق لشرح كتاب أُستاذه«المقنعة» وهو بعد لم يناهز الثلاثين.

ولما انتقل الشيخ المفيد إلى رحمة اللّه، عكف على بحوث السيد المرتضى، ولازم حضوره طيلة 23 سنة حتى توفي السيد لخمس بقين من شهر ربيع الاَوّل عام 436هـ، فاستقل شيخ الطائفة بالاِمامة، وظهر على منصَّة الزعامة، وكانت داره في «الكرخ» مأوى الاَُمّة وملجأ روّاد العلم، يأتونها لحلّ المشاكل، وإيضاح المسائل، وقد ذاع صيته ، وعلا مقامه، ممّا حدا بخليفة عصره القائم بأمر اللّه أن يجعل كرسي الكلام له، وكان لهذا الكرسي يومذاك عظمة وقدر فوق ما يوصف.

وكان الشيخ يدرّس ويربّي إلى أن ضاقت به الاَُمور، وثارت القلاقل بشن طغرل بيك أوّل ملوك السلاجقة حملة شعواء على الشيعة، وأمر بإحراق مكتبة الشيعة التي أنشأها أبو نصر سابور بن أردشير وزير بهاء الدولة البويهي، وكانت يومذاك من دور العلم المهمة في بغداد، ونافت كتبها على عشرة آلاف من جلائل الآثار.

حتى توسّعت الفتنة واتجهت إلى بيت الشيخ الطوسي وأصحابه، فأحرقوا كتبه وكرسيّه الذي كان يجلس عليه، فلم يجد الشيخ بداً إلاّ مغادرة بغداد إلى النجف الاَشرف لائذاً بجوار مولانا أمير الموَمنين - عليه السّلام - ، فأسّس فيها حوزة علمية كبيرة، تقاطر إليها الفضلاء من شتّى الاَقطار، وبقيت تلك الحوزة على مرّ الدهور إلى يومنا هذا تشع نوراً، وتربّي جيلاً بعد جيل من العلماء لا يحصي عددهم إلاّاللّه سبحانه.