سائر كبار الفقهاء ـ إلى مقاطعة انتخابات المجلس وإزالة أية سلطة أجنبية عن الحكومة العراقية، مما حدا بالحكومة إلى إبعاده إلى إيران في أواخر سنة (1341هـ)[1]، فأقام في قمّ مدة، تصدى خلالها للبحث والتدريس، ثم عاد إلى العراق.

وكان الميرزا النائيني متضلعاً من الأدب الفارسي والعربي، ذا قدم راسخة في الحكمة والفلسفة، ماهراً في أُصول الفقه محققاً فيه، وله فيه آراء مبتكرة.

حضر بحثه ثلة من العلماء، أبرزهم: السيد جمال الدين بن حسين الگلبايگاني، وموسى الخوانساري، ومحمد علي الجمالي الكاظمي، وحسين بن علي الحلي، والسيد محمود الشاهرودي، والسيد أبو القاسم الخوئي[2]، والسيد حسن البجنوردي، والميرزا باقر الزنجاني، والسيد علي نقي النقوي.

ووضع مؤلفات، منها: حاشية على «العروة الوثقى» في الفقه للسيد محمد كاظم الطباطبائي (مطبوعة)، رسالة فتوائية لعمل المقلدين (مطبوعة)، رسالة في اللباس المشكوك، رسالة في أحكام الخلل في الصلاة، أجوبة مسائل المستفتين جمعها بعض تلاميذه، رسالة في التعبّدي والتوصّلي، رسالة في المعاني الحرفية، رسالة في التزاحم والترتيب، رسالة في قاعدة لاضرر، رسالة في الشرط المتأخر، وتنبيه الأُمة وتنزيه الملة (مطبوع) بالفارسية، وغير ذلك.

توفّي في (26) جمادى الأُولى سنة خمس وخمسين وثلاثمائة وألف، ورثي بمراث كثيرة.