وعلى كلّ حال فقد كان هذا هو التفسير المتداول بين معظم المفسرين إلى عصر المجلسي. إلاّ أنّ المجلسي ابتكر أُسلوباً جديداً في التفسير، وهو تفسير القرآن حسب الموضوعات التي يطرحها من خلال جمع آيات كلّ موضوع في محل واحد، ثمّ تفسيرها دفعة واحدة، وحلّ إبهام الآيات بعضها ببعض.

وهذا النمط من التفسير له مزيّته الخاصة كما أنّ للتفسير الترتيبي مزية، غير انّ الوقوف على الهدف المنشود من الآيات التي تحوم حول موضوع واحد إنّما يتبيّن من خلال التفسير الموضوعي، حيث يقف المفسِّر على ما هو المقصود دفعة واحدة، بعرض الآيات بعضها على بعض والخروج بحصيلة معينة.

هذا هو الذي قام به شيخناالمجلسي على وجه موجز حيث صنف الآيات القرآنية حسب الموضوعات وبثّها في أبواب بحار الأنوار، وفسرها على وجه الإيجاز حسب ما سمح به الوقت، وقد اعتمد في ذلك على تفسير «مجمع البيان» للطبرسي (المتوفّى 548هـ) وتفسير «أنوار التنزيل وأسرار التأويل» للبيضاوي (المتوفّى 685هـ) وغيرهما من التفاسير.

نعم التفسير الموضوعي في إطار ضيّق قد سبقه إليه الفقهاء في تفسير خصوص آيات الأحكام، فقد ألّف جمال الدين المقداد بن عبد اللّه السيوري الحلي (المتوفّى 826هـ) كتاب «كنز العرفان في فقه القرآن» فهو يتعرض لآيات الأحكام فقط، ولا يفسر الآيات سورة فسورة على حسب ترتيب المصحف ذاكراً ما لكلّ سورة من آيات الأحكام، كما فعل الجصاص وابن العربي، بل طريقته في تفسيره انّه يعقد أبواباً كأبواب الفقه، ويدرج في كلّ باب منها الآيات التي تدخل تحت موضوع واحد، فمثلاً يقول: باب الطهارة ثمّ يذكر ما ورد في الطهارة من الآيات القرآنية، شارحاً كلّ آية منها على حدة، مبيّناً ما فيها من الأحكام، على