در مهرماه 1360 به‌عنوان نمايندۀ ايشان در شوراى عالى دفاع آغاز كرد. [1]آغاز اين مسؤوليت با كارشكنى‌هاى بنى‌صدر و ليبرال‌ها همراه شد و سپس با فراز و نشيب‌هايى تداوم يافت. تصدّى نمايندگى حضرت امام تا خردادماه 1367 يعنى قريب هفت سال به طول انجاميد.

2-1. فرماندهى عالى جنگ

مسؤوليت خطير فرماندهى جنگ از ديگر مقاطع حساس حضور ايشان در جبهه‌ها بود. اين مسؤوليت دو مرحله داشت: مرحلۀ اوّل، به‌طور غيررسمى تا فتح خرمشهر و مرحلۀ دوّم، به طور رسمى از عمليات خيبر و بعد از انجام عمليات‌هاى ناموفق رمضان و والفجر مقدماتى.

سردار سرلشكر رضايى، فرمانده وقت سپاه پاسداران، در بارۀ زمينه‌هاى تعيين فرمانده عالى جنگ مى‌گويد:

عمليات رمضان را كه انجام داديم و عدم‌الفتح حاصل شد، فرماندهان ارتش گفتند كه بايستى از اصول جنگ ارتش و جداول كلاسيك استفاده شود و نبايد همۀ نيروهاى بسيج را به سپاه بدهند، بلكه از نيروهاى بسيج به ارتش هم بايد بدهند. قبل از عمليات والفجر مقدماتى همين نوع بحث‌ها منجر به تعويق زمان عمليات به مدّت يك‌ماه شد. سپاه به امام نامه نوشت و نظر ارتش را براى كنترل عملياتى سپاه توضيح داد و پيشنهاد كرد يك فرمانده براى حلّ مسائل سپاه و ارتش مشخص شود. امام به آيةاللّه خامنه‌اى حكم دادند و دو گروه كار براى تمشيت امور سپاه و ارتش تشكيل شد، ولى مسائل حل نشد. [2]