مفكراً فلما أصبح سمعه بعض خدمه ينشد :
( وأصبح لا يدري وإن كان حازما * اقدامه خير له أم وراءه ) فلما أصبح الغد وهو الثامن من ربيع الأول وأرتفع النهار أتاه نازوك وبليق في عدة من الجند فدخلوا إلى الوزير وهو عند الحرم فأخرجوه حافيا مكشوف الرأس وأخذ إلى دجلة فألقى عليه يلبق طيلسانا غطى به رأسه وحمل إلى طيار فيه مؤنس المظفر ومعه هلال بن بدر فاعتذر اليه ابن الفرات والآن كلامه فقال له أنا الآن الأستاذ وكنت بالأمس الخائن الساعي في فساد الدولة وأخرجتني والمطر على رأسي ورؤوس أصحابي ولم تمهلني .
ثمّ سلم إلى شفيع اللؤلؤي فحبس عنده وكانت مدة وزارته هذه عشرة أشهر وثمانية عشر يوما وأخذ أصحابه وأولاده ولم ينج منهم إلا المحسن فإنه اختفى ؛ وصودر ابن الفرات على جملة من المال مبلغها ألف ألف دينار .
ذكر وزارة أبي القاسم الخاقاني ولما تغير حال ابن الفرات سعى عبد الله بن محمد بن عبد الله بن يحي بن خاقان أبو القاسم بن أبي علي الخاقاني في الوزارة وكتب خطه أنه يتكفل ابن الفرات وأصحابه بمصادرة ألفي ألف دينار وسعى له مؤنس الخادم ،