كثيرا مما كان عمي عنه الجاهلون ألا أن أمير المؤمنين ولاني أمركم وعهد إلى ما سمعتم وما توفيقي إلا بالله عليه توكلت وإليه أنيب فإن يكن ما ترون من إمارتي وأعمالي طاعة لله فاحمدوا الله علي ما كان من ذلك فإنه هو الهادي له وإن رأيتم عاملا لي بغير الحق فارفعوه لي وعاتبوني فيه فإني بذلك أسعد وأنتم [ بذلك ] جديرون وفقنا الله وإياكم لصالح الأعمال برحمته .
ثم نزل ولبث شهرا كاملا حتى بعث إلى أولئك القوم المعتزلين الذين كانوا قد وادعهم قيس فقال لهم إما أن تدخلوا في طاعتنا وإما أن تخرجوا عن بلادنا فأجابوه إنا لا نفعل فدعنا حتى ننظر إلى ما يصير إليه أمرنا فلا تعجل لحربنا فأبي عليهم فامتنعوا [ منه ] وأخذوا حذرهم فكانت وقعة صفين وهم هائبون لمحمد .
فلما رجع علي عن معاوية وصار الأمر إلى التحكيم طمعوا في محمد وأظهروا له المبارزة فبعث محمد الحارث بن جمهان الجعفي إلى أهل خربتا وفيها يزيد بن الحارث مع بني كنانة ومن معه فقاتلهم وقتلوه .
فبعث محمد إليهم أيضا ابن مضاهم الكلبي فقتلوه وقد قيل إنه جري بين محمد ومعاوية مكاتبات كرهت ذكرها فإنها مما لا يحتمل سماعها العامة .
وفيها قدم ابراز بن مرزبان مرو إلى علي بعد الجمل مقرا بالصلح فكتب له كتابا إلى دهاقين مرو والأساورة ومن بمرو ثم إنهم كفروا وأغلقوا نيسابور فبعث علي خليد بن قرة وقيل ابن طريف اليربوعي إلى خراسان .