قال زيد بن علي :
ثوى باقر العلم في ملحد * إمام الورى طيب المولد فمن لي سوى جعفر بعده * إمام الورى الأوحد الأمجد أبا جعفر الخير أنت الامام * وأنت المرجى لبلوى غد وقال القرطي :
يا باقر العلم لأهل التقى * وخير من لبى على الا جبل حمران بن أعين ، قال لي أبو جعفر وقد قرأت له معقبات من بين يديه ومن خلفه قال : وأنتم قوم عرب تكون المعقبات من بين يديه ؟ قلت : كيف تقرؤها ؟ قال : له معقبات من خلفه ورقيب من بين يديه يحفظونه بأمر الله .
وبلغنا ان الكميت أنشد الباقر ( ع ) : ( من لقلب متيم مستهام ) . فتوجه الباقر إلى الكعبة فقال : اللهم ارحم الكميت واغفر له - ثلاث مرات - ثم قال : يا كميت هذه مائة الف قد جمعتها من أهل بيتي ، فقال الكميت : لا والله لا يعلم أحد اني آخذ منها حتى يكون الله عز وجل الذي يكافيني ولكن تكرمي بقميص من قمصك ، فأعطاه .
وسأل رجل ابن عمر عن مسألة فلم يدر بما يجيبه فقال : اذهب إلى ذلك الغلام فاسأله وأعلمني بما يجيبك ، وأشار به إلى محمد بن علي الباقر ، فأتاه وسأله فأجابه فرجع إلى ابن عمر فأخبره فقال ابن عمر انهم أهل بيت مفهمون .
ووفد عليه عمرو بن عبيد فسأله عن قوله تعالى : ( أو لم ير الذين كفروا ان السماوات والأرض كانتا رتقا ففتقناهما ) ما هذا الرتق والفتق ؟ فقال ( ع ) : رتقا لا ننزل القطر وكانت الأرض رتقا لا تخرج النبات فلما تاب الله على آدم أمر الأرض فتفجرت أنهارا وأنبتت أشجارا وأينعت ثمارا وأمر السماء فتقطرت بالغمام وأرخت عز إليها فكان ذلك فتقها ، فانقطع عمرو .
وقال الأبرش الكلبي لهشام : من هذا الذي احتوشه أهل العراق ويسألونه ؟ قال هذا نبي الكوفة وهو يزعم أنه ابن رسول الله وباقر العلم ومفسر القرآن فاسأله مسألة لا يعرفها ، فأتاه وقال : يا ابن علي قرأت التوراة والإنجيل والزبور والفرقان ؟ قال :
نعم ، قال : فاني سائلك عن مسائل ، قال : سل فان كنت مسترشدا فستنتفع بما تسأل عنه وإن كنت متعنتا فتضل بما تسأل عنه . قال : كم الفترة التي كانت بين محمد وعيسى ؟