أبيه عليه السلام بالعريض وحمل على رقاب الرجال الى أبيه بالمدينة حتى دفن بالبقيع وروى أن أبا عبد الله عليه السلام جزع عليه جزعا شديدا وحزن عليه حزنا عظيما وتقدم سريره بغير حذاء ولا رداء وأمر بوضع سريره على الأرض قبل دفنه مرارا كثيرة وكان يكشف عن وجهه وينظر إليه يريد بذلك تحقيق أمر وفاته عند الظانين خلافته له من بعده وإزالة الشبهة عنهم في حياته. ولما مات اسماعيل رحمه الله انصرف عن القول بامامته بعد أبيه من كان يظن ذلك فيعتقده من أصحاب أبيه عليه السلام وأقام على حياته شرذمة لم تكن من خاصة أبيه ولا من الرواة عنه وكانوا من الأباعد والأطراف. فلما مات الصادق عليه السلام انتقل فريق منهم الى القول بإمامة موسى عليه السلام بعد أبيه وافترق الباقون فرقتين فريق منهم رجعوا عن حياة اسماعيل وقالوا بإمامة ابنه محمد بن اسماعيل لظنهم أن الامامة كانت في أبيه وان الابن أحق بمقام الامامة من الأخ وفريق ثبتوا على حياة اسماعيل وهم اليوم شذاذ لا يعرف اليوم منهم أحد يؤمى إليه وهذان الفريقان يسميان الاسماعيلية والمعروف منهم الآن يقولون إن الامامة في اسماعيل ومن بعده في ولده وولد ولده الى آخر الزمان. وكان عبد الله بن جعفر أكبر أخوته بعد اسماعيل ولم تكن منزلته عند أبيه منزلة غيره من ولده في الاكرام وكان متهما بالخلاف على أبيه في الاعتقاد ويقال إنه كان يخالط الحشوية ويميل الى المرجئة وادعى بعد أبيه الامامة واحتج بانه أكبر اخوته الباقين فاتبعه على قوله جماعة من أصحاب أبى عبد الله عليه السلام ثم رجع أكثرهم بعد ذلك الى القول بإمامة أخيه موسى عليه السلام لما تبينوا ضعف دعواه وقوة أمر أبى الحسن عليه السلام ودلائل