للأباليس المسترقة، كتاب خلاص المبتدئين من حيرة المجادلين، كتاب نور اليقين و بصيرة العارفين، كتاب الفسخ على من أجاز النسخ لما تم نفعه و حمل شرعه، كتاب إزالة الران عن قلوب الإخوان، كتاب إيضاح خطإ من شنع على الشيعة في أمر القرآن، كتاب الظلامة لفاطمة(ع)، كتاب رسالة البشارة و النذار و الاستنفار إلى الجهاد، كتاب علم النجابة في علم الكتابة، كتاب التراقي إلى أعلى المراقي، كتاب وعظ المشترط، كتاب نثر طوبى، كتاب المسح على الخفين، مناسك الحج، كتاب مفرد في النكاح، كتاب مناسك الحج، كتاب اللطيف، كتاب أشكال جملة المواريث، كتاب فرض المسح على الرجلين، كتاب زكاة العروض، كتاب الحاسم للشيعة في نكاح المتعة، كتاب الانتصاف من ذوي الانحراف عن مذهب الأشراف في مواريث الأخلاف، كتاب نقض ما نقضه الزجاجي النيشابوري على أبي محمد الفضل بن شاذان، (رحمه الله)، مسألة في وجوب الغسل على المرأة إذا أنزلت ماءها في يقظة أو نوم، و له مسائل كثيرة. و سمعت شيوخنا الثقات يقولون عنه: إنه كان يقول بالقياس، و أخبرونا جميعا بالإجازة لهم بجميع كتبه و مصنفاته». و قال الشيخ (602): «محمد بن أحمد بن الجنيد: يكنى أبا علي، و كان جيد التصنيف حسنه، إلا أنه كان يرى القول بالقياس، فتركت لذلك كتبه، و لم يعول عليها، و له كتب كثيرة، منها: كتاب تهذيب الشيعة لأحكام الشريعة، كبير، نحوا من عشرين مجلدا، يشتمل على عدد كتب الفقه على طريقة الفقهاء، و كتاب المختصر الأحمدي للفقه المحمدي، في الفقه مجردا، و كتاب سبيل الفلاح لأهل النجاح، و كتاب نور اليقين و بصيرة العارفين، و كتاب تبصرة العارف و نقد الزائف، و كتاب الأسفار و هو الرد على المؤبدة، و كتاب حدائق القدس في الأحكام التي اختارها لنفسه، و كتاب تنبيه الساهي بالعلم الإلهي، و كتاب استخراج المراد من مختلف الخطاب، و كتاب الشهب المحرقة للأباليس المسترقة يرد فيه على أبي