امّا در بعضی کتب نوشته چنین یافتم که وی مرید شیخ رکن الدّین ابو الفتح است و وی مرید پدر خود شیخ صدر الدّین و وی مرید پدر خود شیخ بهاء الدّین زکریّا مولتانی قدّس اللّه تعالی ارواحهم.

بنا به تحقیق مایل هروی نیز امیر حسینی«مرید شیخ بهاء الدّین زکریّا و صدر الدّین فرزند او بوده.» امیر حسینی در کتاب کنز الرّموز در مدحت هر دوشان گفته است:

در لطایف اشرفی منقول است:

از بعض مردم مولتان چنان استماع افتاد که حضرت میر حسینی را نیز حضرت شیخ‌[زکریّا] یک دختر خود را به عقد نکاح در آورده‌اند.

در مورد سفر امیر حسینی سوی مولتان و تربیت یافتن او به خانقاه حضرت زکریّا در سیر العارفین ضبط تحریر است که وی اولّین بار همراه پدر بزرگوار خود سید نجم الدّین برای تجارت به مولتان رفت و به خدمت شیخ الاسلام زکریّا حضور یافت، ولی بدون بیعت به وطن خویش بازگشت. پس از در گذشت والد هر چه داشت، به فقرا و مساکین بخشید و به مولتان رفت و مرید حضرت شد.سه سال آنجا مشغول ریاضیات شاقّه ماند و از برکت صحبت ایشان صاحب کرامت گردید. البته در نفحات الانس و حبیب السّیر و بعضی کتب دیگر وجه توبه سیّد حسینی و رفتن او به مولتان طوری دیگر و چنین مذکور افتاده است که روزی به شکار بیرون رفته بود، آهویی پیش وی رسید، خواست که تیری