اگر سؤال شود كه چرا امام (ع) از كشتن خوارج نهى فرمود؟ با اين كه خود تعدادى از آنها را كشت به دو طريق پاسخ گفته‌اند:

1- حضرت از كشتن خوارج پس از خود بدين سبب نهى فرموده، كه آنها به كار خود بپردازند و سرگرم خودسازى شوند و در زمين فساد و تباهى راه بيندازند، امام (ع) هنگامى دست به كشتار آنها زد كه فساد بر پا كردند و گروهى از شايستگان اصحاب آن بزرگوار را و از جمله عبد اللّه خبّاب را كشتند و شكم همسر عبد اللّه را با وجودى كه حامله بود پاره كردند؛ و مردم را به كارهاى بدعت آميز فرا خواندند. با اين حال امام وقتى كه براى تنبيه آنها حركت كرد به اصحابش دستور داد، تا آنها جنگ را آغاز نكنند. «شما شروع كننده جنگ نباشيد» امام (ع) دست به كشتار آنها نزد، مگر هنگامى كه آنها جماعتى از ياران حضرت را كشتند.

2- احتمال ديگر در پاسخ اشكال اين است. از ديدگاه او كه امامى عادل بود، حق را در مجازات آنها دانسته و آنها را به اعمال بدشان كيفر داد. و نهى از كشتن آنها را بعد از خود به اين سبب صادر كرد كه مى‌دانست حكومت به دست كسانى خواهد افتاد كه مطابق موازين شرعى افراد را مجازات نمى‌كنند. آنها حق را نمى‌شناسند تا بدان عمل كنند. پس يقينا رعايت حدود الهى نمى‌شود.