ولم يدم أمر العثمانيين طويلا لأن الفتن ما لبثت أن نشبت بين الجيش الفاتح ورؤسائه بسبب تأخير الرواتب ، ثم تطور الامر في اوائل عام ١٢٢٠ حتى عمت الفوضى البلاد.

وفي هذه الاثناء كان محمد علي باشا ـ جد العائلة الخديوية السابقة في مصر ـ يقيم مع رجال الجيش في رتبة وكيل لرياسة احدى فرق الجيش فلما رأى ازدياد الفوضى عمد مع فرقته من الالبان الى امتلاك القلعة وأقام فيها ساهرا على اخماد الفتن وأدرك رؤساء العسكر وأعيان البلاد أن من الخير أن يلتفوا حوله لانقاذ البلاد من الفتن ثم ما لبثوا أن أجمعوا على اختياره لولاية مصر ونادوا باسمه في البلاد في صفر من السنة نفسها ثم كتبوا بذلك الى السلطة العثمانية فوافاهم التأييد.

الا أن بعض مماليك الاتراك عز عليهم ذلك فاتصل بعضهم بالانكليز ليتوسطوا لهم لدى الباب العالي في نقل الولاية اليهم فنجحت الوساطة وأرسلت الدولة العثمانية اسطولا مسلحا لعزل محمد علي فثار بعض أعيان مصر ضد ذلك العزل وكتبوا الى دار السلطنة يطلبون تأييد محمد علي فوافتهم الموافقة في العام نفسه ١٢٢١.

واستاء الانكليز لفشل وساطتهم فأرسلوا اسطولهم الى الاسكندرية فتملكها ثم تقدم الانكليز الى رشيد فانهزموا ثم اتفقوا على الصلح مع محمد علي باشا وعادوا الى بلادهم وبقيت مصر تحت ولاية محمد علي.

وعلى هذا فكر محمد علي في ضرورة