خلافت علم و حكمت بدست خلفاء و حكام جور خون هزاران بى‌گناه را به زمين مى‌ريختند و مثلا با طرح اين مسأله كه قرآن حادث است يا قديم و يا انسان مجبور است يا مختار غائله‌ها بر پا مى‌كردند. سيد بن طاوس از دادن «فتوى» گريزان شد و به تهذيب نفس خويش و ديگران پرداخت و در جمع كتب دعا بر ديگران سبقت گرفت چنان كه در كتاب كشف المحجه لثمرة المهجه كه تحت عنوان «برنامه سعادت» به فارسى ترجمه شده به پسرش وصيت مى‌كند كه از كتب ادعيه بيش از 60 جلد كتاب خداوند جل جلاله در نزد من براى تو مهيا كرده است پس خدا را در حفظ آنها در نظر بگير و از دعاهايى كه در آن كتب است حفظ كن ... و من سراغ ندارم كه نزد كسى چه از حيث عدد و چه از حيث فائده اين مقدار از كتب ادعيه بوده باشد.

و مى‌دانيم كه دعا و نيايش تلطيف‌كننده روح و پرورش دهنده اخلاق عاليه انسان و پاك‌كننده جان از پليديها و وسيله بزرگى براى زهد و تقوى است.

سيد بن طاوس كه از قيل و قال علماى علم كلام و طايفه معتزله مصائب وارده بر جامعه را درك كرده به پسرش نوشته «بر تو باد به دورى نمودن از آنچه طايفه معتزله و كسانى كه طريقه آنان را كه از سر منزل حق و يقين به مراحل دور است، به هم بافته‌اند، زيرا كه من آنها را خوانده و مطالعه نموده‌ام و ديده‌ام كه اشكالات معترضين بر آنها وارد است مگر در قليلى از آن‌ها كه مطابق است با