صحته لاشتهاره عند العوام، ثم قال رئيس الاحبار للشيخ: (أليس موسى (ع) من انبياء بني اسرائيل) فقال له الشيخ: (نعم انه من الرسل ذوي العزم والنبي لبني اسرائيل ومن كان في عصرهم)، فقال رئيس الاحبار: (فعلى هذا تكون أيها الشيخ أنت أفضل من موسى (ع) لأنك من علماء امة محمد (ص) ولو كنت أفضل من موسى (ع) فأتني بما أتى به موسى فأنه كان يلقي عصاه فتنقلب ثعباناً فهل تستطيع أنت أن تأتي بذلك؟) فقال الشيخ: (نعم وأنا أبو موسى) والقى عصاه فأنقلبت ثعباناً وفرَّ الجميع وولى الأحبار الدبر، وإنما قال الشيخ (وأنا أبو موسى) لأن ولده الكبير الذي انقادت له الزعامة الدينية بعد أبيه اسمه موسى ويلقّب ب- (مصلح الدولتين) لأنه أصلح بين دولة فارس ودولة الترك كما ذكره التاريخ)[1].

وقد شكك هؤلاء اليهود المسلمين بعقائدهم فتعلم الشيخ جعفر العبرية حتى يحتج عليهم بتوراتهم، وقد زاره السيد مهدي بحر العلوم في شهر رمضان فسأل الشيخ عن أحواله، فقال له الشيخ جعفر: كيف حالي وأنا أعيش مع اليهود واقرأ التوراة في شهر رمضان واتعلم العبرية فيه، فقال له السيد بحر العلوم: يا شيخ ان نصرتك للإسلام أفضل من قراءة القرآن والجلوس في محافل العلماء عند قبر سيد الاوصياء. وقد أظهر الله الحق على يد الشيخ جعفر عند مناظرته ليهود الكفل، فانكفؤا عن المدينة وولوا مدبرين.

أهداف مدرسة النجف من دراسة علم الأديان:

1- إثبات نبوة محمد بن عبد الله (ص) وإبراز معالم إصالة القرآن الكريم وليس مستمد من مصادر العهدين. والدفاع عن القرآن العظيم والنبي الكريم وشريعته السمحاء وتاريخ الاسلام من كل الشبه والتخرصات والمزاعم التي أثيرت من أهل الكتاب.

[1] بين الجامع والجامعة/ 34.