حوزه‌هاى علمى تشيع شده است، تا آنجا كه شخصيت‌هاى علمى برجسته‌اى نظير شهيد آيت‌الله مطهّرى، شهيد آيت‌الله بهشتى، شهيد آيت‌الله مفتّح، آيت‌الله جوادى آملى، آيت‌الله مكارم شيرازى، آيت‌الله جعفر سبحانى، آيت‌الله مصباح يزدى كه از مؤثرترين چهره‌هاى علمى و فكرى حوزه در نيم قرن اخير به شمار مى‌روند و در فلسفه و نيز معارف قرآنى داراى آثار علمى فراوان و برجسته‌اى مى‌باشند. همگى از پاى درس فلسفه و تفسير علامه طباطبايى برخاسته و در هر دو رشته محصول تربيت علمى اين مرد بزرگ به شمار مى‌روند.

در زمينه فلسفه از علامه طباطبايى سه اثر مهم به يادگار مانده است:

الف. بداية الحكمة: اين كتاب حاوى خلاصه‌اى از فلسفه كلاسيك اسلامى است.

ب. نهاية الحكمة: اين كتاب نيز به سبك فلسفه كلاسيك اسلامى نگارش يافته است، لكن از كتاب" بداية الحكمة" مفصّل‌تر و عميق‌تر است. اين دو كتاب از آغاز انتشار تاكنون از مهم‌ترين متون درسى فلسفه كلاسيك اسلامى در حوزه‌هاى علمى شناخته شده‌اند.

ج. اصول فلسفه و روش رئاليسم: اين كتاب با سبك و شيوه جديدى به نگارش درآمده و در نوع خود بى‌سابقه و ابتكارى است. در اين كتاب علامه طباطبايى علاوه بر فلسفه اسلامى‌