خراسانى (دام ظله العالى) بر پيكر وى اقامه گرديد و بدن پاكش در حرم حضرت معصومه عليها السلام، نزديك قبر آيت اللَّه بروجردى رحمه الله و آيت اللَّه شيخ عبدالكريم حايرى يزدى رحمه الله در ميان غم و اندوه فراوان مردم عزادار به خاك سپرده شد.

تشييع جنازه‌ى مرحوم ميرزا قدس سره با شكوه، تاريخى، به ياد ماندنى و كم‌نظير بود. با وجود كافى نبودن تبليغات رسانه‌اى سيل مشتاقان و شيفتگان مرجعيّت همراه مراجع و علماء، جلوه‌ى خاصى به اين تشييع جنازه دادند و حماسه‌اى جديد آفريدند. مراسم از مسجد امام حسن عسكرى عليه السلام آغاز شد. بر اثر كثرت جمعيّت مسير تشييع‌كنندگان را به طرف ميدان مطهرى و پل حجّتيه تغيير دادند. تجليل بزرگى از اين فقيه عاشق خدمت به عمل آمد. هنوز جنازه به حرم حضرت معصومه عليها السلام نرسيده بود كه تمام صحن‌هاى حرم و اطراف، خيابان‌هاى مجاور و ميدان بزرگ آستانه مملوّ از جمعيت گرديد. روز سختى براى پيروان و وداع كنندگان با اين مرجع مدافع حريم ولايت و دلداده‌ى راه عصمت و طهارت و دلسوخته‌ى صديقه‌ى كبرى‌ فاطمه‌ى زهرا عليها السلام بود. ازدحام جمعيّت مخصوصاً در صحن مطهّر حضرت معصومه عليها السلام به قدرى زياد بود كه چندين نفر زير دست و پا قرار گرفتند.