هناك طلاب من سوريا ولبنان والأحساء والقطيف والبحرين والكويت وإيران والباكستان والهند وأفغانستان ودول شرق آسيا وأفريقيا مضافا إلى الطلبة العراقيين، يصعب حصرهم وتعيين أعدادهم وبيان مقامهم العلمي ودورهم في الساحة الإسلامية عموما.

فقد تتلمذ عليه آلاف من علماء الشيعة المنتشرين في المؤسسات العلمية الدينية في أنحاء العالم، حيث لا تجد اليوم إماما أو مسؤولا عن تلكم المراكز، لم يكن قد أخذ من الإمام الخوئي أو من أحد تلامذته أو تلامذتهم، ومنهم المئات من المجتهدين الذين هم اليوم أساتذة الحوزات الدينية وعمادها، وكذلك من يدور حولهم الزعامة والمرجعية، أو تقلدها فعلا، بعد وفاته رضوان الله تعالى عليه، نذكر بالمناسبة بعضا منهم:

آية الله السيد علي البهشتي- العراق، آية الله الشيخ جواد التبريزي- إيران، آية الله الشيخ ميرزا علي الفلسفي- إيران، آية الله السيد محمد رضا الخلخالي- العراق، آية الله الشيخ محمد آصف المحسني- أفغانستان، آية الله السيد تقي القمي- إيران، آية الله الشيخ الوحيد الخراساني- إيران، آية الله السيد علاء