مرحوم شیخ محمد رضا پس از اقامت در شیراز ازدواج نمود و از همسر شیرازی خود دارای دو فرزند شد ولی همسر و دو فرزندش در اثر وبا از دنیا رفتند.

وی پس از بازگشت به اصفهان با دختری از خانواده سادات این شهر ازدواج نمود که ثمره آن دو فرزند پسر بود.

وفات

این عالم جلیل در 2 ذی الحجه 1378ق وفات یافت و در تکیه گلزار مدفون شد.

گفتنی است که برادر ایشان:شیخ محمد رضا نجفی و برادرش شیخ محمد حسین نجفی

برادر ایشان: شیخ محمدحسین نجفی نیز از علما و شاگردان آیه الله علامه شیخ محمدرضا نجفی مسجدشاهی بوده و در مدرسه جدّه کوچک تدریس می نموده است.[1]

به گفته مرحوم محمد ابراهیم جواهری: ادیب فاضل سیّد علی اکبر ابرقویی نزد وی تحصیل کرده بود.

وی پس از وفات در تکیه ملک مدفون شد.[2]