وفات:

این عالم جلیل در شب 24 ماه ربیع الاول 1246 ق در اثر بیماری وبا وفات کرده و در تخت فولاد در جوار قبر فاضل هندی دفن شد.

عبارات عالمانه سنگ قبر وی که به خط ثلث نگاشته شده چنین است:

"هو الحی الذی لایموت. سبحان من تفرّد بالعزّ والبقاء وقهر عباده بالموت والفناء. وصلّی اللّه علی محمّد وآله سادات الوری وشفعاء یوم الجزاء. فقد ثلم فی الاسلام ثلمه لا یسدّها شی، حیث افل شمس سماء عالم علم النبی فی مغرب الرجوع الی العالم الباقی، السید السند المؤید و الامام المعتمد، العالم العامل والفاضل الجلیل، الکامل النبیل، ذو الخلق الکریم والقلب السلیم، محیی الشریعه وماحی البدعه، المجرّد عن العلایق الجسمانیه والمتفرّد عن العوایق النفسانیه، مطرح انوار الملکوتیه و مطمح انظار اللاهوتیه، قدوه العباد، اسوه الزهاد، العارف بأسرار المبدأ والمعاد، مجمع البیان، تبیان انوار التنزیل، کنز العرفان لکشّاف وجوه عرایس اسرار التأویل، والمظهر للکواکب الضیائیه من بیانه الشریفه الطالعه من المشارق و الشوارع الفقهیه للهدایه الی مسالک شرایع الاسلام، مقتدی الانام، کفیل الأرامیل والایتام، عماد العلماء الراسخین، عمده الفقهاء والمجتهدین، الغریق فی بحارالأنوار السبحانی، الحاج سیّد یوسف خراسانی، فی لیله الرابع والعشرین من شهر ربیع الاولی سنه 1246".

فرزندان:

به نوشته مرحوم معلّم حبیب آبادی او چهار پسر و سه دختر داشته است.

دختران او، یکی زوجه میرزا محمّد علی خوزانی بوده که از اهل زهد و تقوی و کرامت بوده و در قریه خوزان سده، بقعه معتبری داشته است.

دو نفر دیگر، همسران آقا سیّد حسین خراسانی و میرزا محمّد حسین خراسانی