5. حاشیه میر سیّد شریف بر "شرح شمسیه"

در کتابخانه امیر المومنین علیه السلام نجف اشرف نسخه ای از کتاب فوق موجود است که به خط میرزا علی نقی زنجانی در 9 ربیع الاول 1201 کتابت شده و دارای نسخه خطی شوارق الالهام برخی حواشی عالمانه از کاتب می باشد. این نسخه در تملک سیّد محمّد صادق زنجانی فرزند کاتب بوده است.[1]

6. در کتابخانه ملّی، مجموعه ای شامل: الفوائد الحائریه، حاشیه الوافیه و فوائد بحر العلوم نگهداری می شود که در سال 1221ق به وسیله میرزا علی نقی کتابت شده و دارای حواشی به قلم او است. این نسخه در تملّک سیّد محمّد صادق بوده است.

وفات:

این عالم جلیل در سال 1258 وفات یافت[2] و در جلو قبر فاضل هندی با کمی فاصله دفن شد. بر سنگ نوشته نفیس مزار او اشعار زیر از ضیاء اصفهانی حک بود.

آه که از جوز چرخ، گشت نهان زیر خاک

اختر برج علوم، شمع شبستان دین

سرو ریاض نبی، پاک دل و متقی

راد علی النقی، فخر زمان و زمین