عمده‌ترین بازسازی‌ها و توسعه و تزیین حرم در عصر قاجار صورت گرفت که اثرهای آن هم‌چنان تا عصر حاضر باقی مانده است. نخستین اقدام، طلا کردن گنبد به دستور آقامحمد خان قاجار در 1211 ق بود. [1] 334 دو سال بعد، حرم از سمت شمال توسعه یافت و دیوار حائل مسجد شمالی و روضه برداشته شد. این کار را سید محمد مهدی شهرستانی انجام داد. در 1216 ق، حرم دست خوش تجاوز و هجوم وهابیان قرار گرفت و ضریح و رواق آن ویران شد و اشیاء نفیس آن به غارت رفت. وهابیان، به رهبری سعود، که از اندیشه‌های محمد بن عبد الوهاب مؤسس مذهب وهابیت پیروی می‌کردند، حرم پیامبر صلی الله علیه و آله را در مدینه و بقیع غارت کردند و مزار و بارگاه بقیع و شهیدان احد را ویران ساختند. آنان در آن سال با حدود دوازده هزار نیروی نظامی به شهر مقدس کربلا هجوم آوردند و سه هزار نفر از ساکنان و زائران را به قتل رساندند. [2] 335 در 1217 ق حرم از سمت غربی گسترش پیدا کرد و مزار سید ابراهیم مجاب در داخل رواق و شبستان قرار گرفت.
این کار را سید علی طباطبایی صاحب ریاض انجام داد. این دو بزرگوار حرم را از شرق و شمال با ادغام مزار شهیدان و مسجد شمالی و اندکی نیز از سمت جنوب وسعت بخشیدند. [3] 336 در این دوران محمد حسین خان یزدی، بر اساس کتیبه‌ای که از خود به جای گذاشته، ظاهراً تعمیراتی را در قبر مطهر انجام داده است. در مقابل چهار گوشه قبر شریف این عبارت دیده می‌شود: «وافقه الموفق بتوفیقات الدارین ابن محمد تقی خان الیزدی، محمد حسین، سنه 1222 ق».

[1] . ادیب الملک، سفرنامه ادیب الملک به عتبات، 159.
[2] . غلامحسین مصاحب، دایرة المعارف فارسی، 2195؛ هم چنین بنگرید: محامی عباس المزاوی، تاریخ‌العراق بین احتلالین، 1935، ج 6/ 144- 150.
[3] . مدرسی، همان، 481.