در سال 1120 وفات یافته، در بقعه مجلسی در کنار ایوانچه مدفون گردید، و بر قبرش صندوق چوبی نصب گردید.

ماده تاریخ وفات او [که میر عبدالعال نجات گفته] این است:

از پی سال رحلتش گفت آه *** هادی و رهنمای ایمان رفت

در قصص العلماء و رجال اصفهان شرحی راجع به سکته کردن و به هوش آمدنش در قبر، و نذر او جهت ترجمه قرآن نوشته، و نظیر این قضیّه را جهت فضل بن حسن طبرسی و ملاّ فتح الله کاشانی نیز نوشته اند.

فرزند محمّد طاهر. عالم فاضل متّقی، در 10 ربیع الثانی در سال 1190 وفات یافته، در تخت فولاد نزدیک قبر ملاّ اسماعیل خواجوئی مدفون گردید.

فرزند میر عبدالواسع. عالم فاضل جلیل القدر و عظیم المنزله.

از سلسله سادات خاتون آبادی، و خودداماد ملاّ محمّد باقر مجلسی، و از شاگردان علاّمه مجلسی و ملاّ میرزای شیروانی بوده، و پس از فوت علاّمه مجلسی، شیخ الاسلام اصفهان، و سپس امام جمعه اصفهان گردید، و مقام امام جمعگی اصفهان از آن تاریخ تاکنون در اولاد او باقی است.

و موقعی که فتح علی شاه قاجار مسجد شاه طهران را ساخت یکی از اولاد او را به طهران برده، مقام امام جمعگی آنجا را به او مفوّض داشت،