المعارف الاسلامية الشيعة، به نقل از كتاب «تحفة العالم»، اثر ميرزا عبداللطيف تسترى، آن را عمارت اول، ثبت كرده است.

عمارت چهارم: حدود سال 1208 ه. ق، شيخ زين العابدين كاظمى آل سلماسى، آن را ساخت و گنبدى از گچ و آجر بر قبر شريف بنا كرد. همچنين كاروانسراى بزرگى را در جهت شرقى آستانه، براى سكونت زائران ايجاد نمود كه قسمتى از هزينه آن را احمد خان دنبلى، پرداخت. اين عمارت را شيخ ذبيح‌الله محلاتى در كتاب «تاريخ سامرا»، عمارت اول دانسته و ثبت كرده است. اما سيد حسن امين به نقل از «مآثر الكبراء» شيخ ذبيح‌الله محلاتى، در دايره المعارف الاسلاميه الشيعه، عمارت سوم آستانه سيد محمد، ثبت نموده است.

عمارت پنجم: در سال 1244 ه. ق، ملا محمد صالح برغانى قزوينى حائرى، با نظارت سردار حسن خان و حسين خان قزوينى، آن را انجام دادند كه تمامى عمارت سابق را خراب نمودند و آستانه مجللى با گنبد بزرگ كاشى‌كارى، بنا كردند كه شروع آن، در سال 1244 ه. ق، و پايان آن عمارت، در سال 1250 ه. ق، بود. تاريخ مذكور بر سنگ مرمر، به خط ثلث، در دو طرف ايوان آستانه، نصب است.

سيد حسن امين معتقد است كه در سال 1250 ه. ق، سردار حسين خان آن را تعمير نموده است و اين عمارت را در سال 1310 ه. ق، ميرزا حسين نورى، تعمير كرد و قسمت‌هايى از كاشى‌كارى گنبد را كه ريخته بود، بازسازى نمود كه تاريخ آن در پيشانى گنبد، ثبت شده است. هشت حجره نيز در جنوب صحن شريف، براى سكونت زائران بنا گرديده بود.

پس از هجرت ميرزاى شيرازى به سامرا، در يكى از مسافرت‌هاى ميرزا كه همراه شاگردانش، پياده از سامرا به آستانه سيد محمد مشرف گشتند، تعميراتى انجام دادند و چند حجره به حجرات صحن، افزودند. سپس ميرزا محمد تهرانى عسكرى، صحن شريف را توسعه داد و حجراتى بدان اضافه نمود. در عصر مرجعيت آيت‌الله حاج آقا حسين قمى، جمعى از مردم ايران، اموال زيادى را براى تعمير آستانه سيد محمد، ارسال‌