واستمرّ في سياق التأليف حتّى عام 1357 ش حيث ألّف أيّام إقامته في النجف الأشرف آخر كتاب له «الخلل في الصلاة» و هو أيضاً من أصعب المباحث المطروحة في الفقه.

ففي مجال العرفان، ألّف باللغة العربية: «شرح دعاء السحر» و «التعليقة على الفوائد الرضوية» و «مصباح الهداية إلى الخلافة و الولاية» و «التعليقة على شرح فصوص الحكم ومصباح الانس».

وفي الأبحاث الأخلاقية و العرفانية وباللغة الفارسية: «سرّ الصلاة» و «آداب الصلاة» و «شرح چهل حديث» و «شرح حديث جنود عقل وجهل».

وفي علم اصول الفقه، ألّف أسفاراً قيّمة كما يلي: «مناهج الوصول إلى علم الاصول» و «الطلب و الإرادة» و «أنوار الهداية في التعليقة على الكفاية» و «بدائع الدرر في قاعدة لاضرر» و «الاستصحاب» و «التعادل و الترجيح» و «الاجتهاد والتقليد»؛ وكذا «لمحات الاصول» التي هي تقريراته من إفادات السيّد البروجردي لمحاضرات ألقاها في خارج الاصول.

وفي إطار الفقه الفتوائي، صنّف باللغة العربية: «التعليقة على وسيلة النجاة» و «التعليقة على العروة الوثقى» و «تحرير الوسيلة» و «مناسك الحجّ».

وباللغة الفارسية: «حاشيه بر رساله ارث ملاهاشم خراساني» و «حاشيه بر توضيح المسائل آيت اللَّه بروجردي» و «نجاة العباد» و «توضيح المسائل» و «مناسك حج».

وفي الفقه الاستدلالي: «كتاب الطهارة» و «المكاسب المحرّمة» و «كتاب البيع» و «الخلل في الصلاة».

وخلال هذه الكتب، قد ألّف سماحته «ولايت فقيه» بالفارسية وعدّة رسائل فقهية