و فی الوقت الذی کان یسعیٰ جاهداً للحفاظ علی مقدّرات الحوزة العلمیّة، و متطلّباتها، و إصلاح مناهجها، کان یطرح فیها أُمّهات العلوم الإسلامیة، تنشیطاً لحرکتها و رسالتها العلمیّة و الإسلامیة، و فی مقدّمتها دراسته للقرآن الکریم، و الإنارة بعلومه، فی حین کانت الحوزة العلمیّة عازفة عن الاهتمام بها، بما فیها آیات الأحکام الجانب الفقهی فی القرآن و کانت تتّجه فیها إلی نزعة التقلید، و فی علم الحدیث و الرِّجال أیضاً، و کل ذلک من رکائز الاجتهاد و أرکانه.
فحفّز الامام الخوئی الحوزة العلمیّة علی أن تتّجه إلی هذه العلوم، فکان قدوة لها، و کان من ثمار ذلک، و امثولتها، کتاب (البیان فی تفسیر القرآن) الذی ألقی الکثیر من بحوثها علی الفضلاء من طلّابه، لیتدرّجوا علی أسلوبها و مناهجها، و کتاب (معجم رجال الحدیث و طبقات الرّواة). کما عقد العزم علی إعداد حقل آخر من العلوم الإسلامیة، و هو فقه الخلاف المقارن، و خاصّة فی (فقه القرآن علی المذاهب الخمس) «1». إلّا أنّه لم تواته ذلک للظروف العصیبة، غیر الملائمة، من تمزّق الحوزة، و إجلاء الفضلاء المبرّزین، ممّن یستطیعون أن یعوا دقائق هذه العلوم، و یهتدوا إلی لبابها.

کان الإمام الخوئی، و آیة اللّٰه الطباطبائی مؤلِّف (المیزان فی تفسیر القرآن) زمیلی دراسة فی علوم القرآن عند آیة اللّٰه البلاغی فی النجف الأشرف، و هو إمام المفسِّرین فی عصره، و قد وصفه الإمام الخوئی ب (بطل العلم المجاهد) «2».
و قد غلب فی بعض الأبحاث الجانب الفلسفی فی کتاب (المیزان)، و غلب علی (البیان) الجانب الفقهی فیها.
(... و علی ما أعهد، فإنّه کان محیطاً بالأبحاث الفلسفیّة، إذ کلّما دعت المناسبة ضمن
______________________________
(1) لاحظ مقدّمة البیان (بین یدی الکتاب)، للسید الحکمی.
(2) البیان فی تفسیر القرآن، للإمام الخوئی/ 119.