و هشتاد و سيّم هجرت بين مردم انتشار يافت كه ابن كمونه يهودى كتاب تنقيح الابحاث را (كه ذيلا خواهيم نگاشت) تأليف داده و در آن از نبوت بحث كرده و چيزهائى گفته كه قابل مذاكره نميباشد نعوذ باللّه من ذكره، اينك عوام ازدحام عام نموده و قتل او را تصميم كردند لكن بتدابير شحنه عراق مستخلص گرديد، چنانچه شحنه، روز جمعه با جمعى از حكام سوار شد و تحقيقات لازمه قضيه را از قاضى القضاة و مدرّسين مدرسه مستنصريّه بغداد درخواست نمود لكن ابن كمونه كه متوارى بوده پيدا نگرديد و قاضى براى نماز سوار شده و باز بجهت ممانعت عوام بمدرسه مذكور برگشت، ابن الاثير را نيز كه براى اسكات عوام از خانه‌اش بيرون آمده بوده فحش داد و حرفهاى ناشايست گفت و با تعصّب و طرفدارى ابن كمونه و مدافعه از مزخرفات او متّهمش داشت. اين است كه محض اسكات فتنه و دفع شرّ ازدحام، منادى (جارچى) بآواز بلند ندا در داد كه عموم جماعت فردا (روز شنبه) براى قتل يا سوزاندن ابن كمونه در بيرون شهر حاضر باشند پس مردم متفرق شدند، ابن كمونه را هم در صندوقى كه رويش چرم كشيده بودند گذاشته به حلّه نزد پسرش كه آنجا كاتب و منشى بوده فرستادند و بفاصله چند روز يا سه ماه در اثر خوف و وحشت آن جريان در آنجا درگذشت انتهى مترجما و ملخصا.

با اين‌همه فاضل متتبّع خبير معاصر، شيخ محمد سماوى سابق الذكر، در جواب استفسار كتبى اين نگارنده بواسطه معتمدى نوشته بود كه ابن كمونه علاوه بر اسلام، اظهار تشيّع ميكرده و در اول و آخر تمامى كتابهاى خود اسامى مقدسه حضرت رسالت ص و ائمّه اطهار ع را با تعظيم تمام مذكور داشته و در كتاب لمعه نام وى، كلماتى است كه حاكى از اسلام او و احاطه‌اش در كلمات حضرت امير المؤمنين و شرح و تفسير آنها ميباشند.

صاحب ذريعه نيز همين عقيده را تاييد و كلمات او كه راجع بهمين موضوع است ذيلا در ضمن تأليفات ابن كمونه مذكور و قضيه ازدحام مذكور را هم حمل بمجرّد شهرت عوامى و افترا و تهمت داشته است و در اين‌گونه موارد قلم و رقم و تأليفات خود شخص بهترين معرّف حال او ميباشند.