در تنفيذ حكم ميرزاى شيرازى حاج ميرزا محمد حسن آتى الترجمة كه در حرمت استعمال دخانيّات صادر بوده شهامت بى‌نهايت بخرج داد و بسال هزار و سيصد و سيزدهم هجرت در تبريز وفات يافت و در مقبره معروف سيد حمزة دفن شد و مراثى بسيارى در حق وى گفتند. اخيرا جنازه‌اش را بنجف اشرف نقل داده و در مقبره مخصوص اين خانواده بخاك سپردند.

موقع وفات او چند روز تعطيل عمومى شد و در تمامى بلاد ايران مجالس ترحيم منعقد گرديد و هنگام ورود جنازه بنجف نيز مرثيه‌هاى بسيارى گفته شد و از آن جمله است:

(اطلاعات متفرقه)

مجتهد- حاج ميرزا حسن‌

- فوقا ضمن شرح حال والد ماجدش حاج ميرزا باقر مجتهد مذكور شد.

مجتهد- سيد حسين بن حسن بن محمد

- كركى عاملى، معروف به مجتهد كركى و ميرسيد حسين مجتهد، از متبحّرين علماى اماميّه عهد شاه تهماسب و شاه عباس صفوى ميباشد كه خاله‌زاده ميرداماد و نوه دخترى محقّق كركى آتى الترجمة بود. بعد از وفات محقّق در نزد تمامى امرا و سلاطين وقت قائم‌مقام او و عكس آقاى حاجى ميرزا جواد مجتهد- 21