در ابطال شبهات مخالفين نگارش داده و در ايران چاپ شده است، لكن از هزار دويمى فقط بيست و چند دليل مذكور ميباشد و گويا بقيه كتاب دستخوش حوادث گرديده است 17- انوار الملكوت فى شرح الياقوت كه شرح كتاب ياقوت نام ابو اسحق ابراهيم نوبختى از قدماى متكلمين اماميه در كلام است 18- ايضاح الاشتباه فى ضبط تراجم الرجال چنانچه در ذريعه ميباشد و يا فى ضبط الفاظ اسامى الرجال چنانچه در روضات است 19- ايضاح التلبيس من كلام الرئيس و بيان سهوه و الرد عليه چنانچه در خلاصه گفته و يا كشف التلبيس و بيان سيرة الرئيس چنانچه از محمد بن خاتون نقل شده و بهرحال اين كتاب در رد و اعتراضات وارده بر شيخ الرئيس ابو على سينا است 20- ايضاح السبل فى شرح منتهى السؤال و الامل در اصول فقه و نام اصلى آن غاية الوصول الى علم الاصول است 21- ايضاح مخالفة السنة در تفسير و حاوى رد دينى مطالبى است كه مخالف كتاب و سنت نبويه هستند 22- ايضاح المعضلات من شرح الاشارات كه شرح شرح اشارات خواجه نصير طوسى است 23- ايضاح المقاصد من حكمة عين القواعد كه شرح حكمة العين كاتبى قزوينى است 24- بسط الاشارات و آن شرح اشارات و تنبيهات ابو على سينا و غير از ايضاح المعضلات فوق و غير از شرح ديگر اشارات است كه بنام الاشارات الى معنى الاشارات مذكور شد و شايد مراد شيخ بهائى از اشارات علامه كه بخط خودش در پيش او بوده است همين كتاب بسط الاشارات باشد 25- بسط الكافية كه مختصر شرح الكافية در نحو است 26- تبصرة المتعلمين فى احكام الدين كه بارها در ايران چاپ و شروح بسيارى بر آن نوشته‌اند و اين نگارنده نيز شرح مزجى مختصرى در دو جلد بر آن نوشته و جلد اولى اين شرح در تبريز چاپ شده است 27- تحرير الاحكام الشرعية فى مذهب الامامية كه تمام ابواب فقه را بدون استدلال حاوى و در كثرت فروع و جزئيات مسائل بى‌سابقه بوده و بتصديق بعضى از اهل فن داراى چهل هزار مسئله ميباشد 28- تحصيل الملخص 29- التحفة در هيئت 30- تذكرة الفقهاء در فقه استدلالى اماميه و مذاهب متداوله عامه كه اكثر ابواب فقهيه را حاوى است، در ايران در دو جلد بزرگ چاپ شده و به تذكره علامه معروف است 31- تسبيل الاذهان الى احكام الايمان در فقه و يك مجلد است 32- تسليك الافهام فى معرفة الاحكام 33- تسليك النفس الى حظيرة القدس در نكات و دقائق علم كلام 34- التعليم التام فى الحكمة و الكلام چنانچه در روضات گفته و چندين مجلد است 35- التعليم الثانى كه چندين مجلد بوده و بقول ذريعه ظاهر آن است كه آن، غير از كتاب مقاومات او است كه حاوى مباحثه با تمامى حكما است 36- تلخيص الاحكام چنانچه بعضى گفته‌اند لكن ظاهر آن است كه همان تلخيص المرام مذكور در ذيل است 37- تلخيص الكشاف كه تفسير قرآن مجيد ميباشد و موافق ذريعه ظاهر آن است كه آن، غير از سر وجيز و قول وجيز و نهج ايمان است كه تفسيرهاى علامه هستند و شايد يكى از آنها است. 38- تلخيص المرام فى معرفة الاحكام و قواعد الفقه و مسائله الدقيقة على سبيل الاختصار، دو نسخه از آن در خزانه رضويه موجود است و غاية الاحكام فى تصحيح تلخيص المرام هم شرح خود علامه بهمين كتاب تلخيص است 39- التناسب بين الفرق الاشعرية