ايشان همانند استادان بزرگوار خود، مطالب را از اصل مورد ملاحظه قرار داده و به ريشه‌يابى اساس آن مى‌پردازند. به‌همين‌جهت، گاهى با مناقشه در اساس مسئله، نوبت به فروع مترتب برآن نمى‌رسد.

اما مبانى مهمى كه ايشان مبتكر آن بوده يا به تبعيّت از بزرگان ديگر اختيار كرده‌اند،

بسيار است كه در ذيل به بعضى از آنها اشاره مى‌كنيم:

1- موضوع علم اصول:

مشهور- كه از جمله آنان‌ محقّق قمى رحمه الله‌ صاحب قوانين است- موضوع علم اصول را ادلّه اربعه با وصف دليليت اين ادلّه‌ مى‌دانند. صاحب فصول رحمه الله‌ كلام مشهور و محقّق قمى رحمه الله را مورد اشكال قرار داده مى‌گويد:

راه حلّ اين است كه وصف «كونها حجة» را از موضوع علم اصول برداشته و موضوع را «ذات ادلّه اربعه» قرار دهيم. مرحوم آخوند با توجّه به اينكه موضوع علم را «جامع بين موضوعات مسائل آن علم» مى‌داند و ارتباط بين موضوع علم و موضوعات مسائل، ارتباط بين كلّى و افراد و طبيعى و مصاديق است، موضوع علم اصول را قدر جامع بين موضوعات مسائل علم اصول‌ مى‌داند. و مى‌فرمايد: «لازم نيست اين قدر جامع داراى عنوان و نام مشخصى باشد». امام خمينى رحمه الله‌ كلام مرحوم آخوند را مورد اشكال قرار داده مى‌فرمايد: در مورد علومى كه منزوى هستند مى‌توان چنين حرفى زد ولى در رابطه با علمى كه اين‌همه مورد توجّه بزرگان بوده، نمى‌توان اين‌گونه حرف زد. مرحوم آيت اللَّه بروجردى‌ با توجه به اين كه موضوع علم را «جامع بين محمولات» مى‌داند، موضوع علم اصول را عنوان‌ «الحجة في الفقه» مى‌داند. امام خمينى رحمه الله‌ اگرچه مبناى مرحوم بروجردى در مورد موضوع علم- يعنى جامع بين محمولات- را نپذيرفت، بلكه موضوع علم را «جامع بين موضوعات مسائل»