و استنصر بهم على قتال السلطان و قتل المسلمين و صار إلى مدينة سمرقند فتحصن بها، فلم يزل هرثمة محاربا له حتى قتل خلق من أصحابه. ثم استعان رافع بجيغويه الخرلخي و كان جيغويه هذا قد أسلم على يد المهدي فجعل يخادع هرثمة و يوهمه أنه معه، و معونته و هواه لرافع ثم أظهر المعصية، و الخلع فقوى أمر رافع بمكانه، و أحرق السواد بالنار، و تبرأ من أهله، و دعا لغير بني هاشم و أخذ هرثمة بإكظامهم، حتى ضرع رافع إلى الأمان فأمنه، فخرج إليه بولده و أهل بيته و أمواله، و ذلك في المحرم سنة 194، فكتب المأمون إلى محمد بالفتح، و أعلمهم ما كان من تدبيره و اجتهاده، حتى فتح الله عليه فأفسد قوم قلب محمد على المأمون و أوقعوا بينهما الشر، و كان الذي يحرضه علي بن عيسى بن ماهان و الفضل بن الربيع و زينا له أن يبايع لابنه بولاية العهد من بعده، و يخلع المأمون ففعل ذلك، و بايع لابنه موسى و كان ذلك لثلاث خلون من شهر ربيع الآخر سنة 194، و جمع العهود التي كان كتبها الرشيد بينهما فحرقها، و جرت الوحشة بينهما، و كتب محمد إلى المأمون يأمره بالقدوم عليه في جميع القواد فكتب إليه يعلمه أنه لا سمع عليه في هذا و لا طاعة فكتب إلى من بخراسان من القواد فأجابوه بمثل ذلك، و قالوا: إنما يلزمنا لك الوفاء إذا وفيت لأخيك، و أنت قد نقضت العهود و أحدثت الأحداث، و استخففت بالأيمان و المواثيق و وجه محمد إلى أم عيسى بنت موسى الهادي امرأة المأمون يطلب منها جوهرا كان عندها للمأمون فمنعته، و قالت: ما عندي شيء أملكه، فوجه من هجم منزلها، فانتهب كل ما فيه، و أخذ ذلك الجوهر، فلما انتهى ذلك إلى المأمون جمع القواد الذين قبله، فقال لهم: قد علمتم ما كان أبي شرط علي و على محمد و قد نكث و نقض العهود و أوجد السبيل إلى خلعه بنكثه و نقضه و تعرضه لأموالي و أسبابي و أعمالي، و تحريقه الشروط و العهود التي عليه،