و رسالة في اثبات العقول المجردة ألفها في أواخر عمره و هي مختصرة، و قد شرحها وردها الفاضل الدواني.

و تحريره للكتب الشهيرة بالمتوسطات في العلوم الرياضية، و منها جواب أسئلة كمال الدين النخجواني في مسائل من بحث الدور.

و رسالة في استعلام حال النبي و حقيقة كلامه تعالى و المعجزة و تشريح بدن الانسان، و هذه رسالة فارسية مختصرة.

و رسالة في علم العروض و القوافي و صنعة الشعر بالفارسية سماها معيار الاشعار.

و قواعد العقائد في الكلام، و منطق التجريد، و هو كتاب على حدة و ليس على و تيرة التجريد من الاختصار و ضيق العبارة، شرحه العلامة و غيره من الفضلاء شرحا على حدة.

و كتاب التلخيص في علم الكلام، صرح بذلك سيد زين العابدين بن عبد الحي الموسوي في رسالته المسماة بالرسالة الالهية المعمولة في علم أصول الدين لمحمد قلي قطب‌شاه.

و رسالة المبدأ و المعاد بالفارسية، ألفها على مذاق أرباب الحكمة.

و رسالة مختصرة في أصول الاعتقادات، رأيتها في استراباد بخط أمير محمد باقر الاسترابادي.

و من تصانيفه أيضا جواب رسالة الكاتبي القزويني في مسألة التوحيد، و جوابه الثانية أيضا على جواب الكاتبي، و قد أثنى كل منهما على الآخر في هذه المراسلات ثناء بليغا.

و من تأليفات المحقق الطوسي جواب أسئلة الكاتبي أيضا في مسائل عويصة من علم الحكمة، تزيد على سبعة مسائل و أجابها الخواجة، و قد أثنى كل واحد