و له كتاب كاشف الحقائق في شرح رسالة درة المنطق لاستاده المذكور، ألفه للشيخ محمد بن الشيخ تاج الدين الحاج خليفة في حياة المؤلف، و هذا الشرح أول ما ألفه من الكتب على ما صرح به نفسه في آخر ذلك الشرح، و فرغ من تأليفه في أواخر ذي الحجة سنة ثلاث و عشرين و ثمانمائة، و قد رأيت نسخة منه بخط الكفعمي صاحب المصباح المشهور في بلدة ساري من بلاد مازندران.

و له أيضا جامع الدقائق في شرح رسالة غرة المنطق لذلك الاستاد أيضا، و قد صنفها الاستاد بعد الرسالة الاولى، و شرحها هذا الشيخ في حياة المؤلف أيضا بعد شرح الاولى، و قد رأيت نسخة منه بخط الكفعمي أيضا في بلدة ساري و كان تاريخ خط الكفعمي نهار الاربعاء من العشر الاوسط من شهر ذي الحجة الحرام سنة سبع و خمسين و ثمانمائة.

و له أيضا كتاب القوانين، صرح بذلك نفسه في آخر شرح الغرة المذكور، و الظاهر أنه في المنطق أيضا.

و له أيضا كتاب التوضيح الانور بالحجج الواردة لدفع شبه الاعور، و هذا الكتاب في رد كتاب الشيخ يوسف بن المخزوم المنصوري الواسطي الاعور العامي بل الناصبي الملعون في رد الشيعة، و قد عثرت على نسخة منه باصبهان و كان تاريخ تأليفه بالحلة السيفية في سنة تسع و ثلاثين و ثمانمائة، و هو كتاب حسن جيد كثير الفوائد، و قد حاذى حذوه في رد كتاب ذلك الملعون أيضا في عصره الشيخ الجليل عزّ الدين حسن بن شمس الدين محمد بن علي المهلبي الحلبى بكتاب الانوار البدرية في رد شبه القدرية الذي ألفه سنة أربعين و ثمانمائة و هو أيضا كتاب لطيف نفيس الا أن الذي ألفه المولى خضر هذا أحسن و أتم و أفيد مما ألفه رحمهما اللّه تعالى.

ثم من مؤلفات المولى خضر هذا أيضا كتاب حقائق العرفان في خلاصة