بصورة عامة أن التصانيف المنسوبة إليه إنما هي مزيفة في الأزمنة المتأخرة. رغم قول ابن خلكان أن له كلاما في صنعة الكيمياء و الزجر و الفأل. كان تلميذه أبو موسى جابر ابن حيان الصوفي الطرسوسي قد ألف كتابا يشتمل على ألف ورقة تتضمن رسائل جعفر الصادق و هي خمسمائة رسالة.

إلى أن قال في ص 148:

و مات الإمام جعفر في السنة العاشرة من حكم جعفر المنصور سنة 148 ه (765 م). و اتفقت الأقوال على تاريخ موته. و كان نقش خاتمه «اللّه وليي و عصمتي».

و قد عاش أربعا و ستين أو خمسا و ستين سنة. و مع ذلك يقال إن الخليفة أمر فأعطي عنبا مسموما فمات. فصار بذلك شهيدا و مات الميتة الخاصة بالأئمة، فإنه يقال بأن جميع الأئمة فيما عدا علي و الحسين و المهدي ماتوا مسمومين، و ذلك حسب الأحاديث الواردة في أن الإمام لا يموت ميتة طبيعية، لا كما تقتضيه سنة الاحتمال.

و دفن الإمام جعفر في مقبرة البقيع بالمدينة إلى جانب أبيه و جده، و على قبورهم منذ قرون رخامة عليها مكتوب:

بسم اللّه الرحمن الرحيم الحمد للّه مبيد الأمم و محيي الرمم. هذا قبر فاطمة بنت رسول اللّه صلى اللّه عليه و سلم سيدة نساء العالمين و قبر الحسن بن علي بن أبي طالب و علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب و محمد بن علي و جعفر بن محمد، رضي اللّه عنهم. انتهى كلام الدكتور دوايت. رونلدسن.

قلنا: و قبر أم الأئمة فاطمة بنت النبي صلى اللّه عليه و عليها ليس هناك. و هي عليها السلام مجهول القبر عند العامة فليظهره ولده الذي يظهر الإسلام و يملأ الأرض عدلا و قسطا.