در چهار رشته از علوم اسلامى، تبحرى ويژه و تخصص و امتيازى چشمگير داشت.

ابتكار امام در علوم چهارگانه

امام، در چهار علم از علوم اسلامى (علم فقه، اصول فقه، فلسفه اسلامى و عرفان اسلام) ابتكارهاى ويژه‌اى داشتند.

او، در ضمن توضيح مطالب ‌با بيان روان و دلنشين خويش‌ـ آراى عالمان برجسته آن علم را نقد مى‌كرد و با دقت نظر زياد، نقاط ضعف آن نظريه‌ها را آشكار مى‌ساخت. سپس با ارائه نظريه‌اى كامل‌تر، بر غناى آن علم مى‌افزود.

در زمينه عرفان نظرى كه متأسفانه مجال چندانى براى بررسى آراى همه عرفاى پيشين نيافت، تنها درباره بعضى از آراى آنان، نقد و نظر دارد؛ مانند تعليقاتى كه بر شرح فصوص الحكم و مصباح الأُنس مرقوم فرمود. اين تأليف را كه بالغ بر سيصد صفحه است، «مؤسسه پاسدار اسلام» در سال 1406 هجرى چاپ كرد. در آن‌جا نيز، بعضى آراى فيلسوفان و عارفان را در ترازوى نقد قرار داد؛ حتى بر آراى بزرگانى چون ابن‌عربى و ملاصدرا انتقادهايى وارد كرد. امام در فقه و اصول، كارهاى بسيارى كرد؛ زيرا عمده فعاليت‌هاى علمى ايشان، در زمينه اين دو علم بود. ايشان بيش از «سى» سال بر كرسى تدريس و تحقيق تكيه زده و لوح و قلم به دست گرفت و اين علوم را غنى ساخت.

در اصول فقه، نوآورى‌هاى گوناگونى داشت. مبانى بزرگان و متخصصان اين فن (مانند مرحوم شيخ اعظم مرتضى انصارى، مرحوم آخوند ملامحمدكاظم خراسانى و مرحوم شيخ عبدالكريم حائرى يزدى) را با بيانى محكم، تبيين و گاهى