و المنهج الذي اتبعناه في التحقيق بصورة عامة كان على النحو التالي:
أوّلا- استنساخ الكتاب من نسخة ذات ميزة.
ثانيا- مقابلة المستنسخ مع جميع النسخ، و بذلك كانت تتحقق مطابقة المستنسخ مع ما انتسخ منه، ثم ضبط اختلافات النسخة مع سائر النسخ مقدمة لتقويم النصّ.
و ربما عثرنا بعد اجتياز هذه المرحلة على نسخة جديدة لكنّا كنّا نكرر عملية المقابلة معها أيضا حرصا على الأمانة.
ثالثا- استخراج مصادر الروايات و الأقوال، و كانت عملية الاستخراج تتم- غالبا- في مرحلتين:
الاولى- الاستخراج الابتدائي حيث كان بعض الإخوة يقومون بذلك.
الثانية- مراجعة الاستخراجات بدقة كاملة ليحصل الاطمئنان، و ربما دعت الحاجة إلى المراجعة أكثر من مرّة.
رابعا- تقويم النص و ضبطه، و هنا كنّا نقدّم- عند الاختلاف- نسخة الأصل أي مخطوطة المؤلف (قدس سره)- لو كانت موجودة- فنجعلها في المتن، و نشير إلى اختلاف سائر النسخ في الهامش. و أمّا إذا لم تكن نسخة الأصل موجودة، فكنّا نقدّم ما هو الصحيح في رأينا و نشير إلى ما سواه في الهامش.
و لا بدّ من أن نشير إلى أنّ النسخ كانت تتواجد فيها أخطاء إملائية