بعد به خاطر شرارت های برادر همسرش یعنی هاشم خان لُر در اصفهان از صدارت عزل شد. او برای بار دوم در سال 1243ق به صدارت منصوب شد.]

پس از مرگ فتحعلی شاه ابتدا به حمایت از حسینعلی میرزا فرمانفرمای فارس و سپس به حمایت از علی شاه ظل السّلطان که مدعی سلطنت بود پرداخت. ظل السلطان 90 روز حکومت را به دست گرفت امّا قاجاریه به حمایت از محمّد میرزا ولیعهد پرداخته و ظل السّلطان را برکنار کردند و محمّد میرزا به عنوان محمّد شاه به تخت نشست. به این خاطر عبداللّه خان در اصفهان به حاج سیّد محمّدباقر حجه الاسلام شفتی پناه برد و چندی بعد به کمک «مک نیل» وزیر مختار انگلیس، از محمّد شاه تأمین گرفته و از راه بختیاری راهی عتبات عالیات شد و در پنج شنبه 25 شعبان 1263ق وفات یافته و در مقبره خانوادگی در مدرسه صدر نجف مدفون گردید.

تاریخ وفات او این بیت است:

ثم با قصر العز تاریخه جنه عدن ازلفت بالامین

در کتاب «صدر التّواریخ» درباره او می نویسد: «مروج شریعت سیّد المرسلین که مرحوم شیخ جعفر نجفی و شیخ موسی و حاج سیّد باقر رشتی (اعلی اللّه مقامهم) او را علی بن یقطین خطاب می کردند. در زهد و ورع بی عدیل و در جلالت قدر بی بدیل».

امین الدّوله از مردان خیّر و خدمتگزار و متدیّن [بود] و حقا وی را باید خیرالظّلمه نامید. آثار زیر از او در نجف اشرف به جای مانده است:

1. ترسیم قناتی در نجف2. اتمام دیوار و باروی شهر نجف که پدرش شروع به ساختمان آن کرده بود.3. ساختن دو باب حمام بزرگ در نجف4. ایجاد چند باب دکان و وقف کردن آن در نجف5. ایجاد کاروانسرائی در نجف و وقف آن بر مدرسه صدر و