مجددا مدرسه به تصرف وقف درآمده و طلاب و فضلاء در آن ساکن شده و به تحصیل و تدریس مشغول شدند.

[مرحوم سیّد العراقین در انجمن معارف اصفهان عضو بوده و از اعضاء هیئت علمی اصفهان نیز بود و در حفظ حوزه علمیه اصفهان و رونق بخشیدن به آن تلاش بسیار کرده و رنج فراوان را به جان خرید. پس از آنکه روس ها به اصفهان حمله کردند و صدماتی به مدرسه چهارباغ وارد شد، او به عنوان متولّی مدرسه، به مرمت گنبد و مناره ها و سایر قسمت های مدرسه اهتمام ورزیده و آن را از خطر نابودی نجات داد.] همچنین از متولّی مدرسه صدر پاقلعه نیز بود.

سرانجام در شب چهارشنبه 10 شوال 1350ق وفات یافته و در تخت فولاد [جنب مقبره میر محمّدصادق مدرس خاتون آبادی] مدفون شد. سپس بر سر مزار آن دو بقعه ای ساخته و تکیه ای بنا نمودند که به تکیه سیّد العراقین معروف شد و جمعی از علماء، شعراء و وعاظ اصفهان در بقعه و صحن و حجره های تکیه مدفون شدند.

مادّه تاریخ وفاتش را استاد همایی چنین گفته است:

لمّا تهدم رکن الفضل و الادب قال المورّخ رکن الفضل منهدم

که به خط آقا شیخ محمّدرضا حسام الواعظین بر سنگ قبر او نوشته شده است.

مرحوم میرزا حسن خان جابری نیز مادّه تاریخ وفات او را چنین گفته است:

تو هم پا بکش از عراق و بگو «عراقین بی سیّد و سرور است»[1]

[1] دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج2، صص 680-682؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، ص108؛ مصاحبه غلامرضا نصراللهی با آقای سیّد ابراهیم میرعمادی در تابستان 1370ش؛ دیوان سنا، ص174؛ سیری در تاریخ تخت فولاد، ص142؛ شرح مجموعه گل، صص 124-147.